Entre las anotaciones introducidas por el Papa, una se refiere a la citación del diálogo entre el emperador bizantino Manuel II Paleólogo (1391) con un erudito persa, en la que el emperador aseguraba que sobre el profeta sólo encontraría cosas "malas e inhumanas como su orden de difundir la fe que predicaba usando la espada"."Esta citación fue tomada en el mundo musulmán como una expresión de mi posición personal, suscitando una comprensible indignación. Espero que el lector entienda que esta frase no expresa mi valoración personal ante el Corán, sobre el que nutro el respeto debido al libro sagrado de otra religión", señaló el Papa en sus notas.
El Papa añadió que sobre esta frase "quería únicamente resaltar la relación esencial entre fe y razón". "En este punto estoy de acuerdo con Manuel II pero sin entrar en su polémica", explica Benedicto XVI en sus anotaciones.
El Papa señaló que la utilización del diálogo de Manuel II con su interlocutor fue sólo para ilustrar la afirmación que "la conversión mediante la violencia es contraria a la naturaleza de Dios", de la que surgió el resto de su reflexión.