L D (EFE) Manuel de Castro, secretario general de la Federación Española de Religiosos de la Enseñanza (FERE), manifestó que el cese se había realizado "sin previo aviso", ya que han tenido conocimiento de ello "por una fotocopia del BOE". En su nota, la FERE recuerda que "ha estado desde la constitución del Consejo a mediados de los años ochenta por un gobierno socialista entre las personalidades de reconocido prestigio" y exige que así siga siendo.
En una nota hecha pública tras conocerse la decisión, dicha federación manifiesta que "con la expulsión de FERE de este órgano se borra del mapa a la cuarta parte del total de nuestro sistema educativo y se cercena la representatividad de este órgano". Agrega que "con actitudes como ésta, el Gobierno se aleja del talante democrático del que hace gala y manifiesta un profundo y doloroso desprecio por el ofrecimiento de diálogo y colaboración en la consecución de un Pacto Escolar de Estado hecho por FERE para garantizar la mejor educación para todos los españoles. Esperamos, por tanto, una rectificación oportuna y satisfactoria para todas las familias, alumnos, profesores y centros educativos a los que representamos".
La Confederación de Madres y Padres de Alumnos (COFAPA) manifestó su solidaridad con la FERE, tras asegurar que "no entendemos la decisión de expulsar a la mayor patronal de la escuela concertada del Consejo Escolar del Estado". Según esta confederación, que representa a 1,2 millones de padres y madres del Estado, el comportamiento del Gobierno en esta materia está siendo "completamente arbitrario, partidista y propio de regímenes totalitarios". COFAPA piensa que, si el Gobierno actúa así en el Consejo Escolar, "significa que la próxima ley educativa prevista por el Ejecutivo obviará por completo a la enseñanza concertada". "Está claro que el Gobierno no escucha a la ciudadanía, como hemos comprobado con el tema de la asignatura de Religión, demandada por más del 74 por ciento de los padres, tanto de la escuela pública como de la concertada, y lo único que pretende es constituir en España un sistema educativo público controlado por el Gobierno de turno". Por su parte, la Confederación de Asociaciones de Padres Católicos (CONCAPA) ha criticado la decisión al considerar que es fruto de "venganzas políticas y posiciones antidemocráticas". Según la CONCAPA, los tres ceses se han producido por "atreverse a opinar en contra de medidas propuestas o adoptadas por el Gobierno".
La ministra de Educación y Ciencia, María Jesús San Segundo, firmó en el Boletín Oficial del Estado (BOE) del pasado sábado el cese de ocho titulares del Consejo y el nombramiento de once nuevos. Los ceses afectan a un representante de los titulares de centros docentes, Néstor Ferrera (Educación y Gestión), que es sustituido por el nuevo presidente de esa patronal, Carlos Díaz Muñiz. Además, se cesa entre las personalidades de reconocido prestigio a Ignacio Escanero, José María Hernández, Manuel de Castro, José Luis García y Ramón Pérez Juste.
En el grupo de personalidades de reconocido prestigio, el MEC ha designado a Irene Balaguer, Marina Subirats, Josefina Camba, Patricio de Blas, Carlos Sierra, Roberto Rey, Luis Balbuena y José Antonio Martínez. En el grupo de representantes de universidades, se publica el cese de Gonzalo Vázquez y Antonio Romero, que son sustituidos por Manuel de Puelles y Antonio Romero.
El Consejo es un órgano de ámbito nacional para la participación de los sectores afectados en la programación general de la enseñanza, así como órgano de asesoramiento respecto de los proyectos de Ley o Reglamentos que hubieran de ser propuestos o dictados por el Gobierno Las funciones encomendadas al Consejo Escolar del Estado se centran en la participación de la comunidad educativa y en el asesoramiento a las autoridades educativas y carece, por tanto, de competencias relacionadas con la función ejecutiva.