L D (Europa Press) Monseñor Cañizares realizó sus Estudios Eclesiásticos en el Seminario Diocesano de Valencia y en la Universidad Pontificia de Salamanca, en la que obtuvo el Doctorado en Teología con especialidad en Catequesis. Es perito en Pastoral Catequética por el Instituto Superior de Pastoral de Madrid.
Ha dedicado la mayor parte de su vida a la docencia. Ha sido, entre otras cosas, profesor de la Facultad de Teología de Salamanca, del Seminario de Madrid y del Instituto Superior de Ciencias Religiosas y Catequética. Entre 1978 y 1986 dirigió dicho Instituto, que pasó a denominarse San Dámaso en 1986, y del que continuó siendo máximo responsable.
En 1985 fue nombrado director del Secretariado de la Comisión Episcopal para la Doctrina de la Fe. Su llegada a la Secretaría tuvo mucho que ver en extraordinaria fertilidad documental de la dicha Comisión. En la Conferencia Episcopal ha sido también presidente de la Comisión de Enseñanza y Catequesis.
Fue nombrado obispo de Ávila el 6 de marzo de 1992 y recibió la ordenación episcopal el 25 de abril de ese mismo año. Desde 1997 fue arzobispo de Granada hasta el 2002, año en el que fue nombrado arzobispo de Toledo. El Papa Juan Pablo II lo nombró miembro de la Congregación para la Doctrina de la Fe el 10 de noviembre de 1996, dicasterio Vaticano que ha sido presidido por el cardenal Joseph Ratzinger hasta el momento de su elección como sucesor de Pedro.
Otros datos biográficos a destacar de Monseñor Cañizares es su iniciativa como fundador y primer presidente de la Asociación Española de Catequistas, miembro del Equipo Europeo de Catequesis, director de la revista "Teología y Catequesis" y autor de libros como "Santo Tomás de Villanueva, testigo de la predicación española del siglo XVI" y "La evangelización hoy".