Las leyendas, la novela y el cine han insistido en que la causa del penar de Rodrigo Díaz fue el haber cuestionado la inocencia del monarca en relación con el asesinato de su hermano Sancho pero, en realidad, ¿por qué fue desterrado el Cid?
La talla histórica de Fernando I no puede cuestionarse. De ascendencia navarra hablaba vascuence con su abuela se convirtió en el primer rey de Castilla logrando no sólo conservar la independencia de tan joven entidad sino incluso ensanchar sus fronteras y ganarse el respeto de sus adversarios. Sólo un error tremendo error empañaría su trayectoria previa. A su muerte, imbuido por la visión germánica que consideraba que el reino era patrimonio del rey, dividió los territorios entre sus hijos. Uno de ellos, Sancho, decidió poner remedio a tamaño desatino y de manera inmediata comenzó a combatir a sus hermanos en un proceso reunificador.
El éxito le acompañó desde el principio en su cometido pero el 7 de octubre de 1072, encontrándose asediando Zamora, una plaza enemiga, un sujeto llamado Vellido Dolfos lo asesinó a traición. El crimen permitió a su hermano Alfonso sentarse en el trono castellano y, paradójicamente, concluir la labor reunificadora de Sancho. Sin embargo, aquella sucesión no se vio libre de críticas. Desde los claustros de los monasterios a los mercados del reino se afirmaba que Alfonso había sido parte en el asesinato de Sancho. Nunca se ha podido establecer si efectivamente fue así pero, en cualquier caso, el alférez de Sancho, un joven muy dotado para el arte militar llamado Rodrigo Díaz de Vivar, fue el encargado de hacer pasar a Alfonso por el trámite absolutamente normal de juramento que implicaba asegurar que nada había tenido que ver con la muerte de Sancho. El episodio se celebró en la iglesia de Santa Gadea o Águeda una parroquia pequeña situada en las afueras de Burgos ya que esta santa se relacionaba con la veracidad en los juramentos y la leyenda lo ha revestido de aspectos como la cólera del rey y la desconfianza de Rodrigo que con seguridad no pertenecen a la realidad.
Lo cierto fue que el joven hidalgo se limitaba a cumplir con una función aneja a su cargo. Sí es cierto que Alfonso privó inmediatamente a Rodrigo del puesto de alférez pero teniendo en cuenta que se trataba de un cargo de confianza personal no resulta extraño que se lo encomendara a un personaje cercano a él como era el conde García Ordóñez. Sin embargo, tan evidente resulta que Alfonso VI no desterró a Rodrigo por esa causa que durante los siguientes siete años le encomendó repetidas funciones de juez y embajador. Durante ese tiempo, la figura del espléndido guerrero ahora obligado a dejar las armas se fue afianzando en la corte e incluso se permitió emparentar con la más rancia nobleza asturiana al casar con doña Jimena. Todo esto sucedía a pesar de que Rodrigo se manifestó decididamente en contra de algunos proyectos del rey como fue el de someter a la iglesia mozárabe al primado de Roma, un paso de enorme trascendencia que encontró la resistencia de buena parte de Castilla y, desde luego, del joven guerrero.
En el año 1078 se produjo, no obstante, un episodio que cambió radicalmente este estado de cosas. Rodrigo había recibido la misión regia de acudir a Sevilla a percibir los impuestos del rey moro Motámid, a la sazón el monarca musulmán más importante de la Península. Dado que se trataba de una delicada cuestión diplomática, Rodrigo se permitió enviar cartas al rey de Granada Abdallah y a algunos ricos hombres castellanos a fin de que, en atención al rey Alfonso, no atacaran a Motámid frustrando el éxito de su cometido. Las misivas eran sensatas pero parece que aún excitaron más los ánimos de sus destinatarios que, muy posiblemente, deseaban dejar en mala situación a Rodrigo. Así, invadieron el reino de Motámid y lo asolaron hasta la altura del castillo de Cabra. La respuesta de Rodrigo fue fulminante. Aunque numéricamente se hallaba en una situación de absoluta inferioridad se dirigió a enfrentarse con los invasores y logró batirlos en una batalla de extraordinaria prolongación y dureza. En el curso de la misma cayeron prisioneros el conde de Nájera, García Ordóñez y otros prohombres musulmanes y cristianos a los que Rodrigo dejó en libertad al cabo de unos días y el valiente castellano pudo encaminarse a Sevilla donde Motámid le recibió entusiasmado y le colmó de regalos para el rey Alfonso. Las crónicas incluidas las islámicas se hicieron eco del resonante triunfo de Rodrigo y del clamor favorable que despertó en el pueblo. Ese éxito, sin embargo, a corto plazo le iba a resultar fatal.
En mayo de 1080, Rodrigo se encontraba en Burgos donde la gente se sentía especialmente contenta por la humillación que había sufrido el conde García Ordóñez. Sin embargo, a Alfonso que sentía por el noble una estima especial el episodio le desagradó enormemente. La ocasión fue aprovechada por los enemigos de Rodrigo para insistir en que se había quedado con una parte de los tributos cobrados a Motámid pero aún así Alfonso, que debía ser consciente de la falsedad de las acusaciones, no tomó medidas en contra de su vasallo. El año anterior, Alfonso VI había comenzado una guerra contra el reino moro de Toledo que duraría siete años. Durante la campaña de abril-mayo de 1081, Rodrigo no pudo acompañarle porque se encontraba enfermo. Justo en esa ocasión, los moros atacaron el castillo cristiano de Gormaz, el más importante en la línea del Duero, y Rodrigo respondió armando a sus hombres y realizando una cabalgada por el territorio del reino de Toledo. La cabalgada constituyó un éxito extraordinario aunque, una vez más, las condiciones militares fueran muy desfavorables para él.
Este segundo triunfo sobrepasó lo que podían soportar los cortesanos que aborrecían a Rodrigo. Le acusaron de haber atacado a moros que mantenían buenas relaciones con el reino y, esta vez, Alfonso VI los escuchó. De acuerdo con el derecho germánico el que tradicionalmente regía en León y se contraponía al de Castilla la relación de vasallaje podía ser rota voluntariamente por cualquiera de las partes y eso fue lo que hizo el monarca. De manera totalmente injusta, como señalan de forma unánime las fuentes, desterró a Rodrigo de sus territorios. La causa no había sido, empero, un juramento pronunciado siete años antes sino la acción de unos cortesanos envidiosos de la brillantez de Rodrigo Díaz de Vivar y, muy posiblemente, el temor del rey a la cercanía de un vasallo extraordinario. Sólo el paso del tiempo repararía aquella injusticia para bien de Rodrigo, de Alfonso VI y de la causa de la Reconquista.