A principios de 2007 publicó The enemy at home, donde culpaba del 11-S a la izquierda cultural estadounidense, chispa de la yesca yihadista por su desconsiderada exportación de la cultura progre a todo el mundo. Aunque muchos conservadores reconocieron que los islamistas utilizan la degradación progresista de la cultura occidental como leva y coartada, no pocos rechazaron la tesis del atrevido D'Souza, que en el fondo coincide con la izquierda en atribuir a Occidente la culpa de sus males y en confundir a la víctima con el verdugo. Incluso algunos, como Robert Spencer, le acusaron de caer en el relativismo progresista por equiparar el cristianismo con el islam. D'Souza prometió una contestación en la proximísima reedición de la obra, aparcó el tema y se puso a trabajar urgentemente en un nuevo libro relacionado con el izquierdismo: What’s so great about Christianity?, que dio a la imprenta a finales de ese mismo año.
No es que D’Souza se haya metido a teólogo. Esta vez se trata de defender al cristianismo del ataque de los nuevos ateos, un grupo de científicos y pensadores cuyos libros antirreligiosos inundaron las estanterías en 2006: Richard Dawkins con su plúmbeo The God delusion, Sam Harris con The end of faith, Victor Stenger con God: The failed hypothesis, Christopher Hitchens con God is not great, Michael Onfray con Atheist Manifesto...; como se ve por los títulos, una ofensiva de manual contra el cristianismo en particular y la religión en general, causa de todos los males e indigna de intervenir en la vida pública.
En What’s so great about Christianity?, D'Souza ofrece a los cristianos una "caja de herramientas" para enfrentarse a este ateísmo llamado a desaparecer de la historia. Aunque Occidente se seculariza –comprueba el autor–, el resurgir global de la religión convierte al cristianismo en la religión que más rápido crece, incluso por delante del islam, y sentencia a un laicismo desesperanzado y sin voluntad de reproducirse.D'Souza demuestra en estas páginas que la civilización occidental depende del cristianismo, padre de ideas como la dignidad y la igualdad humanas, el gobierno limitado, el valor de la razón y la racionalidad del mundo físico. Precisamente la ciencia, posible por la creencia de que el Cosmos es racional, ha permitido no hace mucho redescubrir que el Universo tiene un principio (Big Bang), que puede haber un artífice racional del mundo físico (diseño inteligente) y que el hombre ocupa en él un lugar privilegiado (principio antrópico). ¿Por qué, entonces, el antagonismo moderno entre ciencia y fe? Dice el filósofo ateo Daniel Dennett que "no existe una ciencia libre de filosofía". Y, según D'Souza, el materialismo es el prejuicio filosófico dominante entre los científicos ateos o apateos, especialmente entre aquellos que han hecho del evolucionismo una ideología.
El libro pierde solidez cuando trata de las relaciones entre el cristianismo, la moralidad y la filosofía. Su exposición de la gnoseología de Kant es simplista; pero lo es aún más su afirmación de que, gracias al de Koenigsberg, la fe y la razón quedan para siempre armonizadas, cuando en realidad se escinden sin remedio. A D'Souza no le queda entonces más salida que reconocerse idealista, a veces hasta fideísta. Sólo la reflexión sobre Pascal salva la parte más incoherente de la obra, que recobra el ritmo cuando desmiente los exagerados crímenes de la religión y demuestra que "es el ateísmo, no la religión, el responsable de los peores asesinatos en masa de la historia".
D'Souza ha leído a sus rivales, conoce las fuentes, cita con templanza y exhibe seguridad en la apología. Bien por engallamiento, bien por desidia, bien por derrotismo, no hay en Europa gente que dedique su tiempo a escribir tan rápidas y desenvueltas defensas de la fe. Y si los hubiera, no se atreverían a terminar con la invitación del autor a convertirse y cambiar de vida, mirando al cristianismo con el asombro de aquellos aztecas que, "acostumbrados a ver hombres sacrificados a los dioses, tanto se sorprendieron de ver a un Dios que se había sacrificado por los hombres".