Está por verse que Zauahiri sea capaz de reclutar y procurar inspiración a una nueva generación de yihadistas de la misma manera en que lo hizo Ben Laden. Los analistas más veteranos dicen que Ben Laden era un experto en el manejo de los medios, una figura carismática que sabía escuchar. Zauahiri, por el contrario, tiene un historial de enfrentamientos incluso en el seno del movimiento islamista, informa el periodista Steve Coll, que añade: "Y como comunicador es menos eficaz. Sus libros son muy densos y dogmáticos". Durante un reciente intercambio electrónico con colegas yihadistas, Zauahiri parecía "agresivo y pendenciero". "No daba la sensación de ser un líder atractivo".
Poco después del 11 de Septiembre, Zauahiri y Bin Laden protagonizaron un vídeo en el que comentaban la matanza. El egipcio se expresó en los siguientes términos:
No sólo ha sido gran logro humano. Ha sido un acto sagrado. Esos 19 valientes que dieron su vida por la causa de Dios van a ser muy bien atendidos. Dios les dio la fortaleza que les permitió hacer lo que hicieron. No hay comparación entre la fuerza de esos 19 hombres y la fuerza de América, como no hay comparación entre la destrucción causada por esos 19 hombres y la destrucción causada por América.
Tres años antes, en 1998, Zauahiri afirmaba en la publicación yihadista Al Mujahidoun: "América está ya controlada por los judíos, totalmente"; y añadía: "[Estados Unidos] se vale de Israel para atacar [a los vecinos de éste] y masacrar a quienes viven pacíficamente en la zona". "Si somos lo que decimos, una nación de mártires, lo único que necesitamos es el coraje y la voluntad de los asesinos y la fe por la que afirmamos estar dispuestos a morir a la mayor gloria de Dios".
Nacido en Egipto el 19 de junio de 1951, Zauahiri proviene de una familia de médicos y de eruditos religiosos. Su padre era profesor de Farmacología en la Universidad de El Cairo, y su abuelo fue gran imán de la Universidad Al Azhar, uno de los grandes centros del islamismo. En la adolescencia se unió a la Hermandad Musulmana, y en 1966 fue detenido por formar parte de una célula clandestina de dicha organización. Ese mismo año, el Gobierno egipcio, encabezado por Gamal Abdel Naser, ejecutó al guía ideológico de la Hermandad, Sayid Qutb.
Naser falleció en 1970, y su sucesor, Anuar Sadat, trató de cooptar a la Hermandad, muchos de cuyos militantes salieron por entonces de prisión. A los hermanos se les permitió predicar su doctrina, siempre y cuando no recurrieran a la violencia. Pues bien, los hermanos se sirvieron de su recién adquirida libertad para socavar el régimen de Sadat.
Tras licenciarse por la Universidad de El Cairo, en 1974 Zauahiri ingresó en el Ejército, donde sirvió –como cirujano– durante tres años. Luego se unió a una coalición de células yihadistas denominada Yihad Islámica Egipcia.
Zauahiri fue uno de los procesados por el magnicidio de Sadat, perpetrado en octubre de 1981. En la apertura del juicio, afirmó que los acusados eran "el verdadero frente islámico, la verdadera oposición islámica al sionismo, el comunismo y el imperialismo". Y cargó contra las autoridades por "preparar el terreno" a "la infiltración sionista".
Declarado culpable de poseer ilegalmente armas de fuego, fue condenado a tres años de cárcel.
En 1985 abandonó Egipto y puso rumbo a Peshawar (Pakistán), donde se dedicó a la atención sanitaria de los mujaidines que combatían a los soviéticos en Afganistán. Fue allí donde conoció a y se hizo íntimo de Osama ben Laden.
En 1989, derrotados los soviéticos y con Afganistán precipitándose en el caos, Ben Laden y Zauahiri se trasladaron a Sudán. Desde ahí, según ha relatado el veterano periodista Lawrence Wright, Zauahiri y su Yihad Islámica egipcia iniciaron una campaña de atentados y asesinatos con el fin de desestabilizar Egipto. Entre las víctimas que se cobraron se cuenta un presidente del Parlamento egipcio, al que asesinaron en 1990.
El Cairo emprendió una feroz represión después de que el grupo de Zauahiri tratara de asesinar al rais Hosni Mubarak en 1995, mientras éste cursaba una visita a Etiopía. Decenas de miles de personas acusadas de ser islamistas fueron encarceladas. Como represalia, la gente de Zauahiri voló la embajada egipcia en la capital de Pakistán, Islamabad. En el atentado –perpetrado por dos terroristas suicidas– murieron 16 personas y otras 60 resultaron gravemente heridas.
La presión de Estados Unidos y Arabia Saudí llevó a Sudán a expulsar a Al Qaeda de su territorio, por lo que en 1996 Ben Laden, Zauahiri y compañía establecieron su base en Afganistán, donde los talibanes les ofrecieron asilo.
En 1997 el Departamento de Estado declaró a Zauahiri líder de un grupo llamado Vanguardia de la Conquista, facción de la Yihad Islámica que se cree estuvo detrás de la matanza de Luxor, perpetrada ese mismo año y en la que perdieron la vida 58 turistas.
En 1998 se produjeron los ataques a las embajadas de EEUU en Kenia y Tanzania –en los que murieron 224 personas– y la llamada a la yihad contra "los judíos y los cruzados" del Frente Islámico Mundial, abanderado por Ben Laden y Zauahiri:
Con la ayuda de Dios, llamamos a todos los musulmanes que crean en Dios (...) a obedecer la orden de Dios de matar a los americanos y hacerse con su dinero allá donde se encuentren.
En 1999 Zauahiri fue juzgado en ausencia por un tribunal egipcio y condenado a muerte. Taufiq Hamid, que trabajó con él cuando ambos formaban parte del grupo yihadista Jamaa Islamiya, advierte contra el peligro de subestimar a Zauahiri en su nuevo papel de sustituto de Ben Laden. Su sobresaliente capacidad organizativa y su dedicación a la violencia le hacen mucho más peligroso de lo que lo fue el saudí:
Como líder es mucho más potente, y se organiza mucho mejor. Cuando le escuchas, te das perfecta cuenta de su ambición y de que está al cien por cien consagrado a su misión.