(LIbertad Digital) José Bono, rival de Zapatero en las primarias que le llevaron a ser secretario general del PSOE, tenía una posición cada vez más comprometida en el Gobierno, por la mala gestión de la muerte de 17 soldados españoles en Afganistán y especialmente por el "Caso Bono", es decir, por la detención ilegal de dos ciudadanos acusados falsamente de agredirle durante una manifestación por el hecho de ser militantes del PP. En estas condiciones se produjo la primera crisis del Gobierno Zapatero.
El lugar de José Bono lo ocupó el hasta entonces ministro de Interior, José Antonio Alonso. Y el hueco dejado por Alonso iba a cubrirlo en hasta entonces portavoz del PSOE en el Congreso, Alfredo Pérez Rubalcaba. Quien dijo que "España no se merece un gobierno que mienta" iba a hacerse con la cartera más comprometida del Gobierno en plena negociación con ETA y en vísperas del juicio del 11-M.
Justo cuando el Gobierno aprobaba la nueva Ley de Ordenación de la Educación, LOE, Zapatero echaba del Gobierno a María Jesús San Segundo, y su lugar iba a ocuparlo la número dos en la lista al Congreso por Madrid del Partido Socialista, Mercedes Cabrera Calvo Sotelo, justo detrás de Rodríguez Zapatero. El Gobierno sumaba así un miembro más del Clan Intermoney, ya que su esposo es Carlos Arenillas, vicepresidente de la CNMV, y se sumaba a Miguel Sebastián en la Oficina Económica del Gobierno y David Vegara en la secretaría de Estado de Economía.
A ello se seguirían dos cambios de dos futuros candidatos a elecciones regionales: En agosto de 2006 José Montilla dejaba Industria para lanzarse a la candidatura socialista a la Generalidad de Cataluña y sería substituido por Joan Clos, hasta entonces sucesor de Maragall en el ayuntamiento de Barcelona. Y en febrero de 2007 López Aguilar sería substituido por Mariano Fernández Bermejo para poder presentarse a las elecciones canarias.