Hombre discreto, poco amigo de llamar la atención en público, de palabra comedida, los sectores más radicales de su partido le han censurado siempre por su prudencia dialéctica. Ni un exabrupto, ni un calentón, sólo templanza y serenidad en la complicada arena política vasca.
Iñigo Urkullu es de esos políticos que se sienten cómodos y seguros dentro las complejas estructuras de los partidos. Un hombre del aparato. Precisamente su conocimiento de las entrañas del PNV es lo que le ha permitido ir creciendo orgánicamente en la formación secesionista. Siempre implacable, ha ido apartando a sus rivales hasta posicionarse en los más alto de la formación jeltzale.
Sus primeras diferencias con el todopoderoso Arzalluz comenzaron en 1996. El ayatolá nacionalista intentó colocar al veterano dirigente peneuvista Luis María Retolaza al frente del BBB (Ejecutiva del PNV de Vizcaya) y los dirigentes más jóvenes del territorio se unieron para plantar cara al entonces presidente de la Ejecutiva del PNV. Una lista encabezada por Javier Atutxa se alzó con la victoria. En el seno del partido se achacó esa victoria a Urkullu, que iba en la plancha electoral como número dos o secretario de la ejecutiva, y que se supo mover de una forma brillante por los batzokis del territorio histórico. Cuatro años después, en 2000, el propio Urkullu era proclamado presidente del BBB.
El dirigente vizcaíno apuntaló sus diferencias con Arzalluz en 2003, en plena elección interna del candidato a presidir la Diputación Foral del territorio histórico. Mientras el todavía máximo dirigente del partido apostó abiertamente por la continuidad de Josu Bergara como candidato, Urkullu presentó en nombre de la Ejecutiva vizcaína a José Luis Bilbao, uno de sus hombres de confianza. Las votaciones internas del PNV vizcaíno supusieron un fuerte respaldo para el joven dirigente y un duro golpe para Arzalluz, cuya autoridad quedó seriamente dañada. La candidatura de Bilbao fue apoyada por 132 batzokis, la de Bergara en tan sólo 18.
Con la imagen de imparable e implacable que le crearon sus victoriosos enfrentamientos con Arzalluz, Urkullu se lanzó a su último desafío, convencer y colocar a Josu Jon Imaz, por entonces consejero de Turismo y Comercio del Gobierno vasco, como presidente de la Ejecutiva del partido, apartando de la misma al delfín y candidato propuesto por el propio Arzalluz para su sucesión: Joseba Egibar. Para ello contó con el apoyo del lehendakari, Juan José Ibarretxe. Llegó a sonar en las quinielas, pero prefirió poner todo el peso del aparato vizcaíno en apoyo de Imaz. Aquella contienda interna abrió muchas heridas en el seno de la formación secesionista, heridas que todavía siguen abiertas y que ahora él mismo tendrá que intentar cicatrizar.