Merino fue ingresado el 10 de agosto con un pronóstico grave, después de que coordinara las labores de seguridad de la cumbre de la Unión de Naciones Suramericanas (Unasur), los festejos del Bicentenario de la Independencia de Quito y la investidura de Rafael Correa en su segundo mandato consecutivo, que se celebraron ese día.
Desde esa fecha, Merino permaneció en una unidad de cuidados intensivos del Hospital Militar de la capital, según explicó el pasado 29 de agosto el propio Correa, en un estado "entre la vida y la muerte". "Mi jefe de seguridad, un extraordinario oficial, el coronel de la Fuerza Aérea John Merino, está entre la vida y la muerte por cumplir más allá del deber, con imprudencia incluso", afirmó el mandatario, pues Merino no avisó de que tenía síntomas de gripe y siguió con su labor.
Merino, de 42 años, falleció alrededor de las 20:00 hora local (03.00 en España) en la clínica, hasta donde se trasladó el mandatario para acompañar y solidarizarse con los familiares del coronel. De acuerdo con la Presidencia, Correa afirmó que "el jefe de seguridad fue un hombre que trabajó incansablemente por el Gobierno Nacional".