Según los primeros sondeos datos oficiales, Daniel Scioli, candidato del kirchnerista Frente para la Victoria (FpV) obtendría una ventaja de unos 6 puntos porcentuales sobre el conservador Mauricio Macri, líder de Propuesta Republicana (Pro). Otro apunte importante es que Macri se impone sobre los otros dos candidatos que compiten en primarias dentro de la coalición opositora Cambiemos, con lo que será candidato presidencial para las generales del 25 de octubre.
Sin embargo, la jornada ha estado marcada por acusaciones de irregularidades. Oficialismo y oposición se enzarzaron en una polémica por las denuncias sobre la supuesta desaparición de papeletas en algunos colegios electorales. Portavoces de Pro indicaron que se instruyó a los fiscales de su partido en las mesas para que denuncien los problemas detectados. Macri advirtió de que "empezó el deporte nacional del robo de boletas", pero agregó tras depositar su voto que los fiscales de su partido estaban preparados para reponerlas.
La desaparición de sus papeletas, según los conservadores, afectó especialmente a colegios del cinturón metropolitano de Buenos Aires, la zona más poblada del país y bastión peronista. Además, cargaron contra el sistema de votación por ser "obsoleto", "poco transparente" y fomentar el "error y la trampa", en palabras de Jorge Macri, alcalde de la localidad bonaerense Vicente López y primo del líder conservador.
En su primera intervención pública tras el cierre de los colegios electorales, el ministro de Justicia, Julio Alak, saludó el "alto grado" de supervisión y la "normalidad" y el "orden" de la jornada, y no mencionó problema alguno con las papeletas.
Desde el búnker kirchnerista, Jorge Telerman, portavoz del candidato oficialista, Daniel Scioli, afirmó que "no hay ninguna denuncia" presentada en la Justicia electoral. También desde el Frente de Izquierda y de los Trabajadores denunciaron robo de boletas y pidieron que se denuncien las irregularidades.