El avión en el que viaja el Papa, un Airbus A330-200 de la compañía Alitalia, aterrizó a las 14:44 hora local (21:44 En España) en el aeropuerto internacional Mariscal Sucre. El presidente de Ecuador, Rafael Correa, junto a su esposa, Anne Malherbe, recibió al papa al lado del avión.
El sumo pontífice, que nada más salir del avión perdió el solideo a causa del fuerte viento, estrechó la mano de niños vestidos con trajes típicos, que portaban banderas del Vaticano y del Ecuador y que estaban parados a los costados de la alfombra roja. Desde el aeropuerto, el sumo pontífice se desplazó en un vehículo cerrado hasta las afueras de Quito, donde tomó el papamóvil para recorrer las calles hasta la sede de la Nunciatura.
El sumo pontífice viajará a Guayaquil, donde visitará el santuario de la Divina Misericordia, ofrecerá una misa campal en el parque Samanes y almorzará con los jesuitas en el Colegio Javier. El mismo lunes, el papa regresará a Quito y se desplazará al centro histórico, donde le recibirá Correa en el palacio de Carondelet, sede del Ejecutivo, desde donde irá a la vecina Catedral Metropolitana.
El martes, el Papa se reunirá con obispos, ofrecerá una misa multitudinaria en el parque bicentenario, -donde antes funcionaba el aeropuerto internacional de Quito-, tendrá un encuentro con sectores de la educación en una universidad y se reunirá con la sociedad civil en la iglesia San Francisco.
El mismo martes por la noche visitará la iglesia de La Compañía, de la orden de los jesuitas, situada a pocos metros de San Francisco, en el centro histórico de Quito. El miércoles, el sumo pontífice visitará el Ancianato de las Hermanas de la Caridad y luego se desplazará al santuario de El Quinche, donde mantendrá un encuentro con el clero, religiosos y seminaristas.
Según la agenda, el papa Francisco abandonará Ecuador al mediodía del miércoles, con destino a Bolivia, donde estará hasta el día 10 de julio y, al igual que en Ecuador, acudirá a dos ciudades: La Paz y Santa Cruz de la Sierra.
La última fase de este periplo por América Latina será Paraguay, el país con mayor proporción de católicos de la región y de donde emprenderá el regreso a Roma.
Este es el segundo viaje del papa a América Latina, después del que realizó en 2013 para participar en la Jornada Mundial de la Juventud de Río de Janeiro, si bien este viaje fue planificado por el papa Benedicto XVI.