En un documento judicial de casi 300 páginas, el fiscal especial de la causa AMIA (Asociación Mutual Israelita Argentina), Alberto Nisman, señala a Cristina Fernández de Kirchner por los delitos de "encubrimiento agravado, incumplimiento de deber de funcionario público y estorbo del acto funcional".
La denuncia alcanza también al canciller, Héctor Timerman, al diputado oficialista Andrés Larroque, los militantes Luis D’Elia, Fernando Esteche, personal de la secretaría de Inteligencia de la Presidencia argentina, el exfiscal federal y exjuez de instrucción Héctor Yrimia, y el referente comunitario iraní Jorge "Yussuf" Khalil.
Según el fiscal, la denuncia se basa en evidencias reunidas mediante escuchas telefónicas sobre las maniobras del Gobierno argentino para "librar de toda sospecha a los imputados iraníes" y "fabricar la inocencia de Irán". El titular de la Unidad Fiscal Especial de Investigación del Atentado a la AMIA apuntó que "por expresas órdenes de la presidenta se configuró una diplomacia paralela de facto que desde las sombras permitió llevar adelante el plan criminal".
Nisman detalló a la prensa que en las escuchas no está registrada la mandataria argentina, pero sí Larroque y el dirigente piquetero D’Elía que, según el fiscal, aparece hablando directamente con Mohsen Rabbani, exjefe de la Guardia Revolucionaria iraní y uno de los principales acusados por el atentado (prófugo y buscado por la Interpol). De acuerdo con Nisman, las negociaciones con Teherán comenzaron en 2011, cuando Fernández decidió acercarse a Irán para "restablecer relaciones comerciales plenas" con el objetivo de superar "la crisis energética argentina mediante un intercambio de petróleo por granos" y "hasta venderle armas".
Las supuestas conversaciones culminaron dos años después con la firma del Memorándum de Entendimiento entre ambos países, que preveía la revisión de toda la documentación de la investigación judicial y la posibilidad de que los sospechosos del ataque terrorista fuesen interrogados en suelo iraní. El acuerdo fue aprobado por el Congreso argentino, de mayoría oficialista, pero nunca llegó a aplicarse por la negativa del Parlamento iraní a ratificarlo.
El memorándum recibió numerosas críticas, entre ellas por parte de Nisman, que lo consideró una "indebida intromisión del Poder Ejecutivo en una esfera exclusiva de la función judicial" y "un atropello a derechos y garantías reconocidos por la Constitución Nacional".
El secretario general de la Presidencia argentina, Aníbal Fernández, calificó la denuncia como "una ridiculez pocas veces vista" y dijo que es "es un manotazo de ahogado típico de alguien que responde a otras estructuras" además de anticipar medidas judiciales por parte del Gobierno. El ministro del Interior y precandidato oficialista para las presidenciales, Florencio Randazzo, vinculó las acusaciones la disputa interna en el servicio secreto argentino que llevó recientemente a la renuncia de su titular. Para el ministro, se trata de "un pase de factura de sectores corporativos que perdieron con las últimas decisiones tomadas en la Secretaría de Inteligencia". También el presidente de la AMIA, Leonardo Jmelnitzky, expresó su sorpresa y afirmó que "no preveíamos que pasara una cosa así".
El atentado contra la AMIA causó 85 muertos y 300 heridos el 18 de julio de 1994, dos años después de que una bomba explotara frente a la embajada de Israel en Buenos Aires y provocara 29 víctimas mortales. La comunidad judía atribuye a Irán y a la organización Hezbolá la planificación y ejecución de ambos atentados.