Ocurrió en 2009 cuando pretendió ignorar las leyes de su país y realizar un referéndum para modificar la Constitución. Manuel Zelaya encontró la oposición de las principales instituciones del país como el Tribunal Supremo Electoral, la Fiscalía General, la Corte Suprema de Justicia y el Congreso de la República, lo que finalmente terminó en el mes de junio con su destitución como máxima autoridad del país. Éste no aceptó dicha decisión y se esforzó en calificarla como un golpe de estado.
A partir de ese momento, Zelaya comenzó una campaña para volver ilegalmente al poder junto a sus principales socios bolivarianos, con Hugo Chávez a la cabeza, quien además llegó a prestarle un avión para entrar al espacio aéreo hondureño, en una clara provocación que llegó a movilizar el ejército hondureño al principal aeropuerto de Tegucigalpa para impedir su aterrizaje.
Cuatro años después, Zelaya vuelve a ser noticia, una vez más por desconocer a una institución de su país. Ahora acusa al Tribunal Supremo Electoral (TSE) de estar "robando" la victoria en las elecciones presidenciales a su mujer, Xiomara Castro, candidata del partido Libertad y Refundación (LIBRE), con el objetivo de favorecer al oficialista Juan Orlando Hernández. Los últimos datos oficiales, ya con más de la mitad de los votos escrutados, le dan al candidato del Partido Nacional, al que también pertenece el presidente saliente Porfirio Lobo, una ventaja de unos seis puntos sobre Castro.
En una rueda de prensa, el expresidente señaló que "Xiomara gana la presidencia de la República. No nos pueden hacer eso. Nos están robando la elección" y agregó que "hasta que no se demuestre lo contrario, la victoria es nuestra". También apuntó que "no resiste el menor análisis estadístico lo que está haciendo el Tribunal. No aceptamos ese resultado. Rechazamos ese resultado".
¿Sin apoyo de los bolivarianos?
Aunque ya fue felicitado por varias autoridades de diferentes países, entre ellos Mariano Rajoy, Hernández también recibió una llamada del presidente de Nicaragua, Daniel Ortega, quien le manifestó "al nuevo presidente de Honduras la voluntad de Nicaragua de avanzar en todos los programas de integración, de unidad de la región centroamericana", así como "de fortalecer los lazos". Este mensaje fue revelado por la portavoz de la Presidencia y primera dama, Rosario Murillo.
Lo extraño es que el gobierno de Ortega fue uno de los que más activamente apoyó a Zelaya tras su salida de la presidencia en junio de 2009. Por el momento, Nicolás Maduro, Rafael Correa y Evo Morales no se han manifestado sobre las elecciones en Honduras, aunque muchos creen que un felicitación similar a la de Ortega podría dejar a Zelaya y a su esposa sin posibilidades.