Faltaban escasos momentos para que finalizara el Día del Pilar cuando los habitantes de Villarreal de Álava escucharon ocho fuertes detonaciones. En un primer momento creyeron que se trataba de salvas practicadas por agentes de la Guardia Civil, como homenaje a su patrona, tal y como había sucedido en años anteriores. Sin embargo, los guardias civiles del cuartel de Villarreal no habían realizado ningún disparo, a causa del luto que había sido decretado a nivel nacional para ese día entre los miembros de la Benemérita por el asesinato el 5 de octubre de tres guardias civiles en el santuario de Aránzazu . Rápidamente, los agentes del Instituto Armado iniciaron una búsqueda para localizar al autor de los disparos y encontraron el cuerpo de Germán Aguirre a menos de quinientos metros del cuartel, en la zona de los lagos artificiales de Álava. El hombre había recibido tres disparos en la nuca que le habían provocado la muerte instantánea, y yacía tumbado en el suelo cerca de su propio vehículo. El taxi, un Seat 132 de color rojo, se había internado en la península de Sabalaín, cerca del embalse de Santa Engracia, a través de un camino sin salida que conducía directamente al agua. Por este motivo los agentes de la Guardia Civil sospecharon desde el primer momento que los asesinos de Germán Aguirre le habrían obligado a tomar esa dirección bajo amenazas o coacciones.
Según informaciones de los propios vecinos de la villa guipuzcoana de Mondragón (ABC, 14/10/1975), horas antes de su asesinato, en torno a las ocho de la tarde, Germán Aguirre había sido contratado por un supuesto enfermo para que le llevara en su taxi hasta Villarreal, en Álava. Inicialmente las sospechas recayeron sobre ese cliente, por lo que los compañeros de Germán Aguirre fueron interrogados al respecto por la Guardia Civil, para intentar aportar datos sobre aquél, durante la madrugada del lunes 13. A lo largo de la noche se ordenó el traslado del taxi al cuartel de la Benemérita en Villarreal. Horas después, por la mañana, en el lugar donde había sido encontrado el cadáver todavía podía verse un gran charco de sangre. La investigación fue dirigida desde el primer momento por el teniente coronel Antonio Tejero Molina, que en aquellos momentos ejercía como jefe de la Comandancia de la Guardia Civil en Vitoria, y no se facilitaron datos a la prensa sobre las posibles pistas que se estaban siguiendo para localizar a los responsables del atentado.
Al día siguiente del crimen, en torno a las ocho de la tarde, tuvieron lugar los funerales de cuerpo presente por el alma de Germán Aguirre en la Iglesia parroquial de San Juan Bautista, en Mondragón.
Los asesinos de ETA no emitieron ningún comunicado sobre el asesinato de Germán, por lo que en medios alaveses se especuló con todo tipo de teorías sobre las motivaciones del crimen, entre las que se encontraba el que hubiera sido un ajuste de cuentas. Sin embargo, la profesión de taxista, ejercida por Germán, sería con frecuencia vista a los ojos de ETA como una fuente de confidentes de la que se nutrirían las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado. En el caso de Germán Aguirre, diecisiete años después de su fallecimiento, en 1992, le fue incautada documentación al etarra José Luis Álvarez Santacristina, alias Txelis, que justificaba el asesinato del taxista por considerarlo confidente policial.
Germán Aguirre Irasuegui tenía 35 años en el momento de su asesinato. Nacido en Vergara, vivía en Mondragón y trabajaba allí como taxista desde hacía ocho años. Estaba casado y junto a su esposa, natural de Aramayona (Álava), era padre de dos niños, de 10 y 11 años.