En torno a las 11:30 horas del 10 de junio de 1990, la banda terrorista ETA asesina en la cafetería Gwendolyne de Guecho (Vizcaya) a RAFAEL SAN SEBASTIÁN FLECHOSO. Dos etarras entraron en el local y efectuaron dos disparos a escasa distancia en la cabeza de la víctima, que murió prácticamente en el acto.

En el momento en el que se produjo el atentado en el interior del establecimiento se encontraban tres camareros y media docena de clientes. Rafael se encontraba al fondo del local junto a una máquina recreativa. Los asesinos gritaron, una vez traspasada la puerta de entrada, "¡todos quietos!", y en cuestión de segundos se acercaron hasta el lugar donde estaba Rafael San Sebastián, efectuando varios disparos.

Los etarras entraron en la cafetería a cara descubierta y huyeron en un vehículo tipo ranchera aparcado en las inmediaciones, en cuyo interior, según testigos presenciales, había dos o tres personas más.

Rafael era primo de la periodista Isabel San Sebastián y hermano de Federico San Sebastián, secretario general de la empresa Iberduero. El directivo manifestó a los medios de comunicación que el asesinato sólo podía ser consecuencia de un error, porque su hermano "era un hombre muy austero y muy familiar. Se arreglaba con poco dinero y era muy querido por todos".

La periodista Isabel San Sebastián en una entrevista en El Periódico de Cataluña (12/11/2007), a propósito de la interposición de una demanda civil contra José María Calleja por "vulneración del derecho al honor", señaló: "Yo nunca he hecho gala de mi condición de amenazada. ETA asesinó de un tiro en la nuca a un primo mío que se llamaba Rafael San Sebastián. Ahí empezó mi guerra contra ETA y nunca me he apeado de ella".

El 26 de junio de 1990 el diario Egin publicó un comunicado de la banda terrorista ETA, escrito íntegramente en euskera, en el que calificaba de "error" el asesinato de Rafael San Sebastián. El propio diario traducía y resaltaba un párrafo del comunicado en el que se podía leer: "Reiteramos, pues, ante nuestro Pueblo y muy en particular ante los familiares y allegados de la víctima nuestra más seria y sincera autocrítica por esta equivocación y error irreparables".

El terrorista que asesinó a sangre fría, por "error", a San Sebastián Flechoso era Jon Bienzobas Arretxe, alias Karaka. Iba acompañado por otros etarras que no han podido ser identificados por las investigaciones policiales. El 7 de agosto de 1990 Bienzobas, con otros miembros de la banda terrorista, intentó robar en Lejona una furgoneta Nissan Vanette. En ese momento fueron sorprendidos por la Policía Municipal que les pidió la identificación. Uno de ellos encañonó a un agente, lo que les permitió darse a la fuga abandonando un vehículo que resultó ser propiedad de Miguel Bienzobas Valles, padre del etarra. Cerca del lugar de los hechos se halló una mochila con una granada de mano de fabricación casera y el revólver marca Llama del calibre 38 especial con el que se hicieron los disparos que mataron a Rafael San Sebastián Flechoso.

Bienzobas fue extraditado temporalmente por Francia en el año 2007 para ser juzgado por el asesinato de Rafael San Sebastián y por el de Francisco Tomás y Valiente, cometido el 14 de febrero de 1996. Por sentencia de junio de 2007 Bienzobas fue condenado a indemnizar a la familia de Rafael y a 30 años de prisión por "un delito de asesinato alevoso ejecutado con finalidad terrorista" pues "el sujeto activo ejecuta la primera y más antigua modalidad de alevosía: el crimen a traición o por la espalda en el que no existe posibilidad alguna de defensa por parte de ofendido".

Rafael San Sebastián Flechoso tenía 42 años y era natural de Bilbao. Residía con sus padres en el barrio de Neguri de Algorta (Vizcaya). Según relataron sus familiares, no tenía empleo fijo. Tenía por costumbre acudir los fines de semana a la cafetería donde fue asesinado para tomarse un café mientras leía la prensa.