Poco antes de las ocho de la mañana del martes 11 de marzo de 1997, ETA asesinaba en San Sebastián de un tiro en la nuca a FRANCISCO JAVIER GÓMEZ ELOSEGUI, psicólogo de la cárcel de Martutene y afiliado al sindicato ELA-STV.

El autor del disparo, el etarra Fernando Elejalde Tapia, fue detenido minutos después del atentado por miembros de la Policía Nacional. Otros dos terroristas lograron huir.

Francisco Javier Gómez Elosegui había salido de su domicilio, en el barrio donostiarra de Gros, para dirigirse a su trabajo. Cuando apenas había recorrido cien metros, en la intersección entre las calles José María Soroa y Berminghan, dos terroristas, una chica y un chico, se acercaron a él. El chico, encapuchado y con gafas, disparó al psicólogo un tiro mortal en la cabeza, tras lo cual los etarras emprendieron la huida.

Poco después llegaba al lugar una ambulancia medicalizada. Los sanitarios practicaron maniobras de reanimación al herido antes de trasladarlo al Hospital Nuestra Señora de Aránzazu, donde ingresó cadáver a las nueve menos cuarto de la mañana. Según el parte médico facilitado por el centro sanitario, Gómez Elosegui presentaba una herida por arma de fuego con orificio de entrada en la zona occipital derecha y salida en la malar izquierda.

Justo en la acera de enfrente, en el Bar Soroa, se encontraban tres policías nacionales de paisano. Una agente se hallaba en el baño y sus compañeros estaban tomando café, cuando vieron pasar a una persona encapuchada. Salieron del establecimiento y, antes de que pudieran reaccionar, vieron cómo disparaban a Gómez Elosegui. Inmediatamente dieron el alto a los terroristas y echaron a correr detrás de ellos, mientras el psicólogo yacía malherido en el suelo.

Durante la persecución por varias calles de Gros, se produjo un intercambio de disparos  entre los policías nacionales y los dos etarras. Finalmente, uno de los policías nacionales se abalanzó sobre Fernando Elejalde Tapia en la calle José Arana y logró reducirlo. En el momento de su detención, Elejalde Tapia portaba una pistola de fabricación belga marca FN cargada con balas del calibre 9 milímetros parabellum, así como otro cargador en un bolsillo. La Policía pudo comprobar más tarde que este arma era la misma que la que se había utilizado en el asesinato de Eugenio Olaciregi Borda. Sin embargo, por el asesinato de Eugenio no se ha condenado a Elejalde Tapia. La otra terrorista, Irantzu Gallastegi Sodupe, alias Amaya, logró huir, al parecer en compañía de un tercer miembro de ETA, identificado como Javier García Gaztelu, alias Txapote. Estos dos terroristas formaban parte del grupo Donosti, del que en abril de 1996 fueron detenidos varios integrantes, entre ellos Valentín Lasarte.

Por el asesinato de Gómez Elosegui fue condenado en 1998 por la Audiencia Nacional Fernando Elejalde Tapia a 28 años de prisión.

Francisco Javier Gómez Elosegui, de 37 años de edad y natural de León, estaba casado con María del Carmen Merino y tenía una hija de dos años, Irene. Francisco Javier  llevaba apenas seis meses viviendo en el número 17 de la calle José María Soroa, pero era una persona estimada entre el vecindario. La esposa de Gómez Elosegui se enteró del atentado por boca de sus compañeros de trabajo en el Ayuntamiento de San Sebastián. El concejal socialista Luis Felipe Hernández la acompañó al Hospital Nuestra Señora de Aránzazu, donde un hermano médico le notificó la muerte de su marido.

El fallecido, además de ejercer como único psicólogo de la cárcel de Martutene, era corresponsable del curso de Formación de Becarios del Cuerpo Técnico y Ayudantes de Instituciones Penitenciarias impartido por el Instituto de Criminología de San Sebastián. "Era un formador de funcionarios de prisiones y un transformador del medio penitenciario. Estaba muy volcado en la reinserción de los presos". Con estas palabras definió a Gómez Elosegui la directora de Derechos Humanos del departamento de Justicia, María Jesús Conde. Según fuentes sindicales, el psicólogo de Martutene fue el cerebro de ELA que participó en la redacción del documento sobre el acercamiento de los presos que este sindicato y LAB presentaron ante la comisión de Derechos Humanos del Parlamento vasco en diciembre de 1996. Simpatizante nacionalista y sindicalista de ELA/STV, era partidario de la negociación con ETA y el acercamiento de presos.

Además de su labor como psicólogo de la prisión de Martutene, Francisco Javier Gómez Elosegi formaba parte de la Asociación Vasca de Psicoterapia Dinámica y Sistemática, en la que, junto con otros siete profesionales, ofrecía asistencia a los afectados por la violencia en el País Vasco. Esta asociación se presentaba públicamente como un "Servicio de Atención Psicológica y Preventiva a Afectados por la Violencia Político Ideológica" y se define a sí misma como grupo apolítico, abierto a todo tipo de personas o colectivos. Consiguió financiarse con la ayuda de la Comisión Europea, unos fondos que evidencian su no vinculación a institución o colectivo vasco alguno.

Desde 1983, la banda terrorista declaró que los funcionarios de prisiones eran "objetivos militares" y "reos de justicia popular". Ese año asesinó al doctor Alfredo Jorge Suar Muro, médico del penal de Puerto de Santa María. Tras ponerse en marcha la política de dispersión de presos en 1989, ETA reanudó su campaña de atentados contra este colectivo laboral. Entre ellos, José Ramón Domínguez Burillo, que igual que Francisco Javier Gómez Elósegui era psicólogo de la cárcel de Martutene. Hay que incluir también entre los atentados a funcionarios de prisiones el secuestro de José Antonio Ortega Lara, el más largo de los cometidos por la banda terrorista, que llevaba más de un año en manos de ETA cuando fue asesinado Gómez Elosegui.