El 23 de abril de 1992, pasadas las nueve de la noche, un policía fuera de servicio, dirigente del sindicato Unión Federal de Policía (UFP), observó a dos individuos que le infundieron sospechas mientras paseaba por las calles de Irún. Decidió comunicarlo al 091, que envió a dos agentes en un coche patrulla camuflado de la Brigada de Seguridad Ciudadana de la Policía Nacional.

En la confluencia de las calles Salvador Etxeandía y avenida de Navarra encontraron a los dos sospechosos. Mientras su compañero estacionaba el vehículo, JUAN MANUEL HELICES PATINO descendió del vehículo y se acercó a los dos individuos para proceder a la identificación. En esos momentos, y sin mediar palabra, uno de los sospechosos sacó una pistola y disparó un único tiro contra el agente, atravesándole la cabeza. El compañero de Juan Manuel hizo uso de su arma reglamentaria repeliendo la agresión sin saber si alcanzó o no a alguno de los etarras.

Los terroristas huyeron en direcciones opuestas, según testigos presenciales. En su huida uno de los etarras dejó abandonada una metralleta. La policía encontró el arma a setenta  metros del lugar en el que se produjo el atentado.

Juan Manuel fue trasladado al Hospital de Aránzazu de San Sebastián, donde ingresó clínicamente muerto. Según el parte médico, el policía presentaba "herida por arma de fuego con orificio de entrada en región frontotemporal izquierda y salida por zona parietooccipital derecha, con estallido de bóveda craneal y fractura de base de cráneo". Falleció dos horas después.

El asesinato de Juan Manuel se produjo un día después de que, con el voto del PNV y el PSE, se aprobara la modificación del trazado de la autovía de Leizarán. La construcción de la autovía provocó la oposición de diversos colectivos políticos y sociales vascos, ligados al mundo independentista. A ellos se sumó con "entusiasmo" la banda asesina, igual que ocurrió con la central nuclear de Lemóniz.

En este caso, el impacto ambiental en el valle de Leizarán, situado entre las provincias de Navarra y Guipúzcoa, fue la bandera que enarboló el independentismo vasco. La banda terrorista se sumó haciendo lo que sabe hacer: asesinar a tres personas y herir a otras nueve, alegando su relación con la construcción de la autovía.

Tras la aprobación de la modificación del trazado, Herri Batasuna colgó unos infames carteles en las calles del País Vasco en los que se podía leer: "Victoria. Ayer ganamos Lemóniz, hoy ganamos la autovía y mañana ganaremos la autodeterminación". A HB se le olvidó mencionar el "detalle" de los muertos y heridos que esas "victorias" habían provocado.

Juan Manuel Helices Patino tenía 33 años y era natural de Rota (Cádiz), en cuyo cementerio fue enterrado. Estaba casado y tenía dos hijos. Vivía en Irún desde once años antes de su asesinato. Juan Manuel y su compañero pertenecían a la Brigada de Seguridad Ciudadana. En 2005 el Consejo de Ministros le concedió, a título póstumo, el ascenso honorífico a oficial del Cuerpo Nacional de Policía.