El etarra entró en la tasca y, tras pedir una consumición, disparó contra Bernardo, que iba de paisano y se encontraba de espaldas al agresor. En el suelo se recogieron, posteriormente, dos casquillos del calibre 9 milímetros parabellum y una bala sin percutir. En la puerta del bar otros dos terroristas esperaban al autor de los disparos en un Seat 133 de color blanco que habían robado veinte minutos antes a punta de pistola. El vehículo apareció, media hora después, en una céntrica avenida bilbaína.
Un familiar de la víctima declaró tras el atentado: "Yo sé que Bernardo no ha hecho nada de lo que se hubiera tenido que arrepentir. Sé que sus asesinos han ido sólo al uniforme".
En 1986 fue condenado a 29 años de prisión mayor, como autor material del asesinato de Bernardo, el etarra José Félix Zabarte Jainaga. Los dos cómplices que le ayudaron a cometer el atentado no han sido juzgados. Zabarte Jainaga, miembro del grupo Vizcaya de ETA, fue detenido en julio de 1985 junto a otros 17 miembros de la banda terrorista. Zabarte fue condenado a centenares de años de cárcel por su participación en varios asesinatos terroristas. La aplicación de la doctrina Parot impidió que saliese de prisión en marzo de 2008, estando prevista dicha salida para 2015. Si es así, para esa fecha habrá cumplido 30 años de cárcel.
Bernardo Pérez Sobrino era de Carrión de Calatrava (Ciudad Real), pero vivía en el País Vasco desde hacía más de diez años. Tres años antes de su asesinato había ingresado en el cuerpo de la Policía Nacional y estaba destinado en Bilbao. Tenía 27 años. Estaba casado con María del Carmen Medina González, también de 27 años, que sufrió un ataque de nervios al conocer la noticia del asesinato de su marido. Bernardo y María del Carmen tenían dos hijos.
El vehículo cargado de explosivos estaba colocado en la confluencia de la avenida de la Meridiana con la avenida Vizcaya, y explotó al paso de una patrulla de la Guardia Civil. Juan había aparcado el coche e iba andando por la calle en dirección a casa de su hermano Jesús, para dejarle una documentación y visitar a sus sobrinos. La explosión del coche-bomba se lo impidió.
La deflagración provocó el incendio de dos vehículos y afectó parcialmente a otros doce. También se vieron dañados edificios de los alrededores, provocando heridas leves a varios vecinos como consecuencia de la rotura de los cristales.
Además de la muerte en el acto de Juan, el coche bomba causó heridas a siete personas, entre ellas tres guardias civiles. Los tres guardias civiles heridos fueron Manuel Chica López, Juan García Estévez (de 31 años), y José Manuel Fernández Cubillo, que fue trasladado al Hospital Clínico con conmoción cerebral, heridas de metralla en la cara y en la pierna y mano derecha. Las heridas de Manuel no revestían gravedad. Sin embargo Juan García necesitó 310 días de asistencia médica. Por su parte, José Manuel Fernández Cubillo permaneció más de un año bajo cuidados médicos, y quedó ciego, además de sufrir otras graves secuelas.
También sufrieron heridas de menor gravedad los transeúntes Nicasio Pozo Dávila, Luisa Valiño Dávila, Tomás Martín Espinosa, Manuel Cifuentes Trequeros y Patricia Martínez Vera.
Este atentado era el segundo que se producía en Barcelona por el método del coche-bomba en el plazo de una semana. El viernes 27 de marzo una furgoneta-bomba había provocado la muerte del guardia civil Antonio González Herrera.
Días después del atentado ETA remitió un comunicado en el que lamentaba la muerte de un civil, pero advertía a la población, con su lenguaje bélico habitual, que tomara "precauciones en las inmediaciones de las instalaciones y de los miembros de las fuerzas de ocupación, susceptibles de ser en cualquier momento objetivos militares de nuestra organización". Juan fue el primer civil asesinado por ETA en Cataluña.
Por el asesinato de Juan Fructuoso fueron condenados en 1989 Domingo Troitiño Arranz y Josefa Mercedes Ernaga Esnoz. A ambos se les impuso una pena total de 168 años. En 2002 fue condenado a 95 años Rafael Caride Simón. Los tres formaban parte del grupo Barcelona de ETA. Domingo Troitiño, detenido en septiembre de 1987, fue el etarra que colocó el coche cargado de explosivos y líquido inflamable en el parking de Hipercor el 19 de junio de 1987, atentado que provocó veintiuna víctimas mortales. Su hermano Antonio Troitiño es también un sanguinario terrorista, autor, entre otros atentados, del asesinato de 12 guardias civiles en la madrileña plaza de República Dominicana el 14 de julio de 1986.
Juan Fructuoso Gómez tenía 27 años y estaba soltero. Era técnico industrial. Su hermano, el escultor Jesús Fructuoso, es el autor del monumento en memoria de las víctimas del terrorismo que se levantó en Tarrasa (Barcelona) en 2002. También es autor de la escultura en memoria de las víctimas del terrorismo que se hizo en Lérida en 2008.