Manuel Fuentes vivía en la calle de Santa Isabel, justo enfrente del recinto deportivo al que acudía muchas tardes para jugar a pala. Después de las cinco de la tarde, cuando el agente había terminado de jugar un partido, se sentó vestido con un chándal en las gradas a descansar y esperar turno para volver a entrar en juego. Dos terroristas, un hombre y una mujer, se sentaron detrás de él. Esperaron unos segundos y, sin mediar palabra, la mujer le disparó por la espalda un único proyectil en la cabeza, con entrada por la nuca y salida frontal. La víctima se desplomó sobre el escalón superior de las gradas del frontón.
Los terroristas escaparon a pie hasta un taxi robado previamente, en el que les esperaba otro etarra al volante. El vehículo tomó una carretera de la red provincial en dirección a la localidad de Arrigorriaga.
Antes de perpetrar el atentado el comando había bloqueado la entrada de la calle de Santa Isabel, por la que sólo se puede circular en un sentido, con otro vehículo para asegurarse mejor la huida.
El cadáver de Manuel Fuentes, cubierto con una manta, permaneció en el frontón hasta que el juez ordenó a las 18:30 horas su traslado al Hospital Civil de Basurto para practicarle la autopsia. En el suelo del frontón se recogió un casquillo de bala, de calibre 9 milímetros, marca SF, fabricado en 1979.
El Partido Nacionalista Vasco condenó "sin paliativos" el asesinato de Manuel Fuentes y destacó su especial gravedad en un momento en que su formación política se está "esforzando al máximo por conseguir una solución al problema de la violencia a través del diálogo". El Partido Socialista de Euskadi declaró que la muerte del agente es obra "del grupo fascista llamado ETA" al que "lo único que queda, como profesionales del crimen, es seguir asesinando".
A la ceremonia religiosa celebrada al día siguiente asistieron numerosas autoridades civiles y militares, entre las que se encontraban Julián Sancristóbal, director de la Seguridad del Estado; el director general de la Policía, Rafael del Río; el general inspector de la Policía Nacional, Félix Alcalá Galiano y también el general Vallejo, jefe de la Quinta Zona de la Guardia Civil. También asistieron algunos miembros de la Ertzaintza.
En febrero de 2007 el Ayuntamiento de Arrigorriaga organizó un homenaje a las víctimas del terrorismo relacionadas con esa localidad. La moción fue aprobada por PNV, EA e IU, con la oposición de PSE-PSOE y PP, e incluía también un reconocimiento al etarra José Miguel Beñarán Ordeñana, alias Argala, asesinado en 1978 por el Batallón Vasco Español. Los familiares del etarra se negaron a recibir el homenaje. Un hermano de Argala, Pablo Beñarán, escribió una carta en Gara en la que tachaba el acto que pretendía hacer el Ayuntamiento de "marketing político, hueco y para la foto". Finalmente, el Ayuntamiento rectificó y excluyó a Argala del homenaje, que se hizo sólo a las dos víctimas de la localidad: el taxista Fermín Monasterio Pérez, asesinado por ETA el 9 de abril de 1969, y el agente Manuel Fuentes. En su memoria se colocó una placa en el frontón donde fue asesinado.
Manuel Fuentes Pedreira estaba destinado en el Parque Móvil de Bilbao y trabajaba en el acuartelamiento de Basauri como conductor. Tenía 39 años y era natural de La Golada (Pontevedra), donde fue enterrado. Manuel había estado destinado en Vizcaya desde años antes de ser asesinado y, tras su traslado a otros puntos de España, pidió volver al País Vasco por encontrarse totalmente integrado en esta comunidad autónoma. En el momento de su asesinato convivía con su novia, Dolores Quintanilla.
El objetivo de la banda terrorista era atentar contra un grupo de militares que esperaba ser recogido por un minibús militar en la avenida Carlos III. Cada mañana utilizaban el minibús para trasladarse a la Comandancia Militar de Cerro Muriano, a unos 15 kilómetros de Córdoba. Sólo la precipitación de los terroristas impidió una masacre similar a la realizada en 1995 en la barriada madrileña de Vallecas, ya que la bomba, accionada por control remoto, estalló unos segundos antes de que el vehículo militar se acercara a la parada, y justo cuando se encontraba oculto por un turismo. Fuentes policiales confirmaron que los terroristas habían planeado cuidadosamente el atentado.
Pese a que el minibús militar variaba frecuentemente su recorrido, la esquina donde se colocó la bomba era el único punto por donde pasaba obligatoriamente, además de ser un cuello de botella en su itinerario. Un pequeño retraso del autobús hizo que el objetivo se encontrase a unos treinta metros del artefacto en el momento en que explotó. ETA, además, había preparado otros dos coches bomba que no estallaron cuando los terroristas habían previsto y que fueron desactivados por la Policía horas después.
La banda asesina había querido provocar una masacre utilizando una cantidad de explosivos similar a la que en mayo de 1991 destruyó el cuartel de la Guardia Civil de Vic matando a diez personas. Según declaraciones del recién nombrado ministro del Interior, Jaime Mayor Oreja, "parece que los dos coches que fueron desactivados eran el auténtico núcleo del atentado, y no la carga que se encontraba en un contenedor de basura".
Además de matar a Miguel Ángel, la explosión hirió a otras cuatro personas: el matrimonio formado por Manuel Espino Madueño, de 53 años, que resultó con lesiones graves, y Antonia Lara Andreu, de 52, que circulaba en un vehículo por el lugar de los hechos; y otros dos militares: el capitán Antonio Duque Lozano y el alférez Antonio Granados Bermejo.
Los autores del atentado fueron miembros del grupo Andalucía de ETA, formado por Mikel Azurmendi, Maite Pedrosa, Asier Ormazábal Lizeaga y Francisco Javier Gallaga Ruiz, todos ellos condenados a elevadas penas de prisión en diferentes juicios.
En 1999 se condenó a Mikel Azurmendi y Maite Pedrosa a sendas penas de 27 años de reclusión mayor por el asesinato del sargento, y a veinticuatro penas de 13 años de reclusión menor por cada uno de los delitos de asesinato frustrado.
En septiembre de 2004 la Audiencia Nacional condenó al etarra Asier Ormazábal a 351 años de prisión como autor del atentado. Según el relato de hechos probados de la sentencia, con anterioridad al 20 de mayo los etarras, miembros del grupo Andalucía de ETA, recibieron indicaciones del dirigente etarra José Javier Arizcuren Ruiz, alias Kantauri, para que comprobaran el itinerario y horarios de un autobús militar que viajaba desde Córdoba hasta la base militar de Cerro Murriano. El 17 de mayo Pedrosa, Azurmendi y Ormazábal confeccionaron tres artefactos explosivos de unos 200 kilos de amosal que colocaron en dos ollas metálicas, y otro aparte de 6 kilos de amosal. Las dos ollas las colocaron en dos coches, que previamente robaron y que aparcaron a la altura del número 11 de la avenida Carlos III de Córdoba, por donde pasaba el autocar para terminar de recoger a los pasajeros en su ruta diaria. El tercer artefacto fue colocado en un contenedor de basura en la misma avenida. Ormazábal fue el encargado de accionar el mando a distancia en el momento en el que el autobús pasaba por delante de los dos vehículos estacionados. Sin embargo, sólo hizo explosión la bomba del contenedor. En el juicio, el etarra Ormazábal se negó a contestar a las preguntas del fiscal y las acusaciones y fue expulsado de la sala después de dar dos manotazos al cristal de la cámara blindada desde la que seguía la vista.
Finalmente, en 2006 fue condenado el etarra Francisco Javier Gallaga Ruiz a 342 años de cárcel. La Audiencia Nacional consideró probada su integración en el grupo Andalucía de ETA y su participación directa en el atentado, al ser la persona que facilitó el material utilizado en la comisión del mismo, transportándolo desde Madrid a Córdoba.
Miguel Ángel Ayllón Díaz-González, sargento de ingenieros del Ejército de Tierra de 27 años, era natural de Granada y estaba soltero, aunque tenía novia, Silvia Oliva, con la que había comprado un piso. Ingresó voluntario en el Ejército con dieciséis años. Destinado en la Brigada de Infantería Mecanizada número X, adscrita al Euroejército, durante algún tiempo había prestado sus servicios en Bosnia dentro de las misiones humanitarias que realizó el Ejército español en la ex Yugoslavia.