La desaparición de Pertur se produjo en un momento de fuertes divisiones internas en la banda terrorista motivadas por la lógica política que se estaba desarrollando desde el inicio de la Transición democrática en España. Moreno Bergaretxe, que lideraba el sector mayoritario dentro de ETA político-militar, era partidario de la transformación de la banda asesina en un partido político revolucionario para actuar dentro de la legalidad, y de que la banda terrorista quedase subordinada al partido. Frente a ellos estaba el sector de los Bereziak, creados en 1975 para llevar a cabo atentados y secuestros. Esta división dentro de la banda se puso de manifiesto con el secuestro y asesinato del empresario Ángel Berazadi, afín al Partido Nacionalista Vasco. Los Bereziak eran partidarios de asesinar al secuestrado, en contra de la opinión de Pertur y otros dirigentes de ETA. Según algunas versiones, este enfrentamiento interno pudo tener nefastas consecuencias en el desenlace del secuestro de Berazadi.
El sector encabezado por Apalategui Aierbe, Múgica Garmendia y Eugenio Etxebeste, alias Antxon, llegó a tener retenido a Moreno Bergaretxe en abril de 1976, acusado de cometer una "falta de seguridad" por haber enviado una carta a un etarra encarcelado en la que contaba algunos problemas por los que atravesaba la banda. Además, este "secuestro" por parte de sus propios compañeros tenía por objeto impedir que Pertur asistiese a una conferencia de dirigentes de la banda.
Tras la desaparición de Moreno Bergaretxe el 23 de junio de 1976, un grupo de extrema derecha se atribuyo su secuestro y asesinato, y cierta información aparecida en la prensa de la época apuntó a las conexiones que podría haber entre el secuestro y asesinato de los inspectores de Policía Jesús María González Ituero y José Luís Martínez Martínez el 4 de abril de 1976 y la desaparición de Eduardo Moreno Bergaretxe. Según esta versión, Pertur habría sido asesinado en represalia por la desaparición de los policías. Estas informaciones, publicadas el 28 de julio de 1976 en el diario vespertino de la cadena del Movimiento Unidad, editado en San Sebastián, han sido sacadas nuevamente a la luz por el diario El País del 20 de marzo de 2011.
Sin embargo, la familia de Moreno Bergaretxe sostiene públicamente desde 1978 que fueron sus antiguos compañeros los responsables de su muerte y desaparición. Marta Bergaretxe, madre de Eduardo, declaró en rueda de prensa en 1978: "ETA es hoy una banda nazi y mafiosa. En ETA, un pequeño grupo de fanáticos, mafiosos y nazis sigue creyendo que en este país no puede haber democracia". Catorce años después de su desaparición, un juzgado de Irún tramitó, a petición de la familia, un expediente para declararle oficialmente muerto. Su cuerpo no ha aparecido.
Eduardo Moreno Bergaretxe tenía 25 años cuando desapareció. Natural de San Sebastián, estudió en el Colegio Alemán y en los marianistas, donde fue compañero de curso de Jaime Mayor Oreja e íntimo amigo de Gorka Knorr, que fue secretario general de Eusko Alkartasuna. En 1972 huyó a Francia, convirtiéndose en uno de los ideólogos más importante de ETA político-militar.
El atentado, obra de los Comandos Autónomos Anticapitalistas, se produjo mediante la explosión de un coche-bomba al paso de una patrulla policial formada por un furgón y una furgoneta con siete agentes de la Policía Nacional en su interior. La patrulla se dirigía al Parque Móvil de San Sebastián y circulaba por el paseo de Mundaiz, en la margen derecha de la ría del Urumea. Los terroristas, apostados en la otra orilla, activaron a distancia la bomba en el momento en que la furgoneta policial se situó al lado del coche cargado de explosivos.
El vehículo en el que viajaban los agentes fue alcanzado de lleno por la metralla y la onda expansiva de la bomba. La fortísima explosión quemó las ramas de los árboles del paseo y levantó en el aire los restos del coche Seat 127 en el que se encontraba el artefacto explosivo, que contenía gruesos tornillos y tuercas a modo de metralla.
El lateral izquierdo de la furgoneta policial quedó acribillado, con orificios que en algunos casos alcanzaban varios centímetros de diámetro. Emilio Juan Casanova López fue trasladado urgentemente al Hospital de la Cruz Roja, donde falleció poco después, mientras que otros compañeros heridos eran trasladados a la Residencia Sanitaria Nuestra Señora de Aránzazu de San Sebastián, y otros dos más, al Hospital Provincial. Un portavoz de la residencia sanitaria hizo un llamamiento público a primeras horas de la tarde solicitando sangre para las transfusiones.
Minutos después del atentado, efectivos de la Policía Nacional y de la Guardia Civil desarrollaron en San Sebastián una amplia operación con controles, cacheos y, en algunos casos, registros de viviendas. El tráfico de amplias zonas de la ciudad quedó colapsado, mientras vehículos policiales cruzaban las calles a toda velocidad haciendo sonar sus sirenas. Cientos de ciudadanos fueron interceptados e identificados en una operación policial espectacular por su envergadura y por la celeridad con la que fue realizada.
Uno de los policías heridos, José Antonio Quintana Cañuelo, de 27 años, tenía seccionada parcialmente la arteria yugular y su estado era gravísimo. Sufrió múltiples heridas de metralla en cabeza, tronco y extremidades, shock hemorrágico y paro cardiaco. Era natural de Valencia y estaba casado. Antonio Gutiérrez Pizarro, natural de Algeciras, 29 años, casado y con dos hijos, sufrió heridas graves en región lumbar derecha y múltiples heridas incisocontusas. El resto de agentes -Jesús María Díaz Barcia, Heliodoro Borrás Jesús, Juan Plaza Navarro y Engracio Calabuig Noguera- resultaron heridos de menor gravedad.
A las 20:00 horas se celebró el funeral en el salón del trono del Gobierno Civil presidido por el ministro Barrionuevo, mandos policiales, el alcalde y representantes municipales.
Emilio Juan Casanova López, era natural de Ayora (Valencia). Tenía 29 años y estaba casado. El agente había estado presente en los funerales que se celebraron a mediodía en el Gobierno Civil por el guardia civil asesinado la víspera, Juan Maldonado Moreno. Al día siguiente se celebró en su localidad natal el funeral y entierro de la víctima, al que asistieron unas seis mil personas. Ese mismo día los Comandos Autónomos Anticapitalistas reivindicaron el atentado con llamadas a diferentes medios del País Vasco.
Mercedes Moreno Moreno, catalana de 36 años, sufrió quemaduras en el 80% de su cuerpo. La muerte le sobrevino por una insuficiencia respiratoria. Estaba casada con José Meliá Pérez, con el que tenía un hijo de 10 años. Vivía en Barcelona, en el barrio de Sant Andreu, y era cliente habitual de Hipercor. Mercedes era conocida como miembro de la Asociación de Vecinos de Sant Andreu, igual que su marido, que colaboraba en la publicación Sant Andreu de Cap a Peus. Sus restos mortales fueron incinerados en el crematorio de Cerdañola y esparcidos posteriormente por su familia en el Montseny.