El 22 de febrero de 2000 son asesinados FERNANDO BUESA BLANCO, portavoz del PSE en el Parlamento Vasco, y su escolta JORGE DÍEZ ELORZA, alcanzados por la explosión de un coche-bomba en el campus universitario de Vitoria. Ambos murieron en el acto.
El portavoz del Partido Socialista de Euskadi en el Parlamento vasco y secretario general de los socialistas de Álava, Fernando Buesa Blanco, y su escolta, Jorge Díez Elorza, caminaban desde su domicilio a su oficina, a trescientos metros del despacho del lehendakari Ibarretxe. Fernando había salido de su casa en la calle Alava y, acompañado por uno de sus hijos y por su escolta, se dirigía a pie a la zona de las universidades. Tras despedirse de su hijo en el Colegio de Ingenieros, donde participaba en un máster de Medio Ambiente, el político y su escolta prosiguieron por la acera unos metros más, ya en la calle Juan Ibáñez Santo Domingo. Antes de llegar a la esquina con la calle Nieves Cano, una fuerte explosión, que pudo oírse en gran parte de la ciudad de Vitoria, acabó con sus vidas. Era poco antes de las 16:30 horas y en el campus universitario había en esos momentos una gran afluencia de estudiantes.
El coche bomba cargado con 25 kilos de explosivos y de metralla compuesta por bolas metálicas, fue accionado desde una distancia de varias decenas de metros por los etarras al paso del político socialista y de su escolta. Como consecuencia de la explosión también resultó herida leve una mujer de 51 años, que se trasladó por sus propios medios al hospital. La furgoneta había sido robada un año antes, en mitad de la tregua decretada por ETA en septiembre de 1998. La banda terrorista había utilizado el mismo método con el que asesinó, el mes anterior, al teniente del Ejército Pedro Antonio Blanco.
Los asesinos juzgados y condenados de Fernando y Jorge fueron Asier Carrera Arenzana (quien colocó la furgoneta-bomba y accionó el mecanismo), Luis Mariñelarena Garciandía y Diego Ugarte López. Los dos primeros fueron condenados en 2002 y Ugarte en 2005.
En noviembre de 2011 la Audiencia Nacional condenó a 105 años de cárcel a Francisco Javier García Gaztelu, alias Txapote, por el atentado contra Fernando Buesa y Jorge Díez. Fue la primera sentencia contra miembros de ETA después de que la banda anunciara el cese definitivo de la violencia el 20 de octubre de ese mismo año. La sentencia da como probado que Txapote "mantuvo varias reuniones en el sur de Francia durante 1998 y 1999 con los miembros del comando Ituren, integrado por los condenados en estas acusaciones, Asier Carrera, Luis Mariñelarena y Diego Ugarte. Tras fijarles como ámbito de actuación la provincia de Álava, y encargarles el alquiler de un piso como base de operaciones, les asignó la misión de obtener información detallada acerca de la vida y costumbres, entre otros, del abogado y portavoz del Grupo Socialista del Parlamento vasco, Fernando Buesa, a quien la dirección de ETA había decidido ejecutar". Asimismo, la sentencia considera probado que, una vez finalizada la tregua de 1998 de la banda criminal, García Gaztelu mandó intensificar los seguimientos y vigilancias a Buesa y facilitó a los autores materiales la furgoneta, los explosivos y las armas que debían utilizar para cometer el atentado.
Fernando se distinguió por su condena a la violencia terrorista durante toda su carrera política. Defendió sus ideas y sus convicciones con vehemencia, y por eso lo mataron. Sabía que la banda terrorista lo había puesto en la diana y vivía amenazado desde hacía tiempo. Fue coherente con sus ideas hasta el final y, el sábado anterior a su asesinato, había acudido a la manifestación del movimiento ¡Basta Ya! en San Sebastián para pedir la disolución de ETA y protestar por la falta de libertades en el País Vasco. Arnaldo Otegi, en esos momentos compañero de Buesa en el Parlamento de Vitoria, se había referido a los que participaron en la manifestación de San Sebastián como "la gusanada".
En su última intervención parlamentaria, el 18 de febrero de 2000, dijo entre otras cosas:
Estamos hartos de que ustedes se dediquen a darle vueltas al diccionario y a retorcer el sentido de las palabras para ver si encuentran una expresión feliz que sea asumible por Euskal Herritarrok a la hora de plantear sus resoluciones parlamentarias. ¡Dejen de mirar tanto y con tantos paños calientes a su suspendido socio parlamentario, y vuelquen su atención en las ciudadanas y ciudadanos de este país que sufren los ataques y carecen de seguridad y libertad! Ellos son los que tienen derecho a exigirles que paren, con todos los medios legítimos de que dispone el Gobierno, esos ataques, y ustedes son los que forman el Gobierno democrático de este país.
En ese momento el Gobierno de Juan José Ibarretxe se sustentaba en un pacto de legislatura firmado en mayo de 1999 por el PNV, Eusko Alkartasuna y Euskal Herritarrok, firmado por Arnarlo Otegui y avalado por uno de los dirigentes de ETA, Urrutikoetxea Bengoetxea, que tenía acta de parlamentario.
Su viuda, Natividad Rodríguez, hablaría en 2007 en el documental Corazones de hielo de Jorge Martínez Reverte, de la responsabilidad de los nacionalistas:
Tienen que preguntarse por qué no ha ido la violencia contra ellos, por qué se ha permitido que los violentos crecieran en la impunidad. ¿Se les ha ayudado? Yo puedo afirmar categóricamente que hubo complicidad del mundo nacionalista con los violentos.
Menos de un mes después del asesinato en San Sebastián de Ramón Díaz García, cocinero de la Comandancia de Marina de San Sebastián, a las 8:00 horas del jueves 22 de febrero de 2001 ETA hacía estallar en el barrio donostiarra de Martutene un coche-bomba con casi seis kilos de explosivos. El objetivo era asesinar al concejal del Partido Socialista de Ordicia, Ignacio Dubreuil. Con este atentado indiscriminado la banda asesina no consiguió su objetivo, pero segó la vida de dos trabajadores de la empresa Elektra a los que la onda expansiva de la explosión les alcanzó de lleno: JOSU LEONET AZKUNE y JOSÉ ÁNGEL SANTOS LARANGA.
Iñaki Dubreuil llegó, como todos los días, en el tren de cercanías de Renfe Irun-Zumárraga, junto a su escolta. Salió de la estación para cruzar la carretera y dirigirse al centro ocupacional Sartu, donde impartía clases a jóvenes en paro. Cerca de él caminaban trabajadores de otras empresas que acudían también a sus puestos de trabajo. Pocos metros más adelante, cuando el edil socialista llegó a la altura del coche bomba, los terroristas lo explosionaron con un mando a distancia.
Iñaki Dubreuil salvó la vida por poco, pero sufrió heridas en el cuerpo y quemaduras de segundo grado en la cara, además de metralla por todo el cuerpo. También resultaron heridos de gravedad Igor Larrea Olano (28 años) y José Ignacio Urrestarazu (31 años), compañeros de Josu y José. De menor gravedad resultaron heridos Ignacio Urdangarín Múgica, Aranzazu Pérez Cayetano y Sandra Viejo Lorente.
El mismo día del atentado se detuvo en Francia a Javier García Gaztelu, alias Txapote, quien, según el Ministerio de Interior, era el que seleccionaba a las víctimas y ordenaba los atentados desde la ruptura de la tregua, incluido el que acabó con la vida de Josu y José Ángel.
Al día siguiente, unas veinte mil personas se manifestaron en San Sebastián contra la banda terrorista. El 30 de marzo Gara publicó un comunicado de la banda en el que calificaba de "error irreparable" la muerte de los dos trabajadores de Elektra.
En mayo de 2011 la Audiencia Nacional condenó a 140 años de cárcel a la dirigente etarra Ainhoa García Montero, alias Laia, como cooperadora necesaria en el atentado contra Dubreuil, que costó la vida a Josu y José Ángel. Por estos hechos también estaba acusado el dirigente de ETA Ibon Fernández Iradi, alias Susper, -compañero de Laia en el grupo Buruntza de ETA, al que se atribuye esta acción-, pero finalmente fue absuelto por falta de pruebas que acreditasen su intervención. En la sentencia, la sección tercera de la Sala de lo Penal, presidida por Alfonso Guevara, consideró probada la participación "relevante y necesaria" de Laia a la luz de un dossier de posibles objetivos de ETA elaborado de "su puño y letra", en el que aparecen datos sobre Dubreuil y del que se extrajeron sus huellas dactilares cuando fue incautado en un piso franco de la banda en Cizúrquil. Con los datos proporcionados por Laia, miembros de ETA "cuya identidad no consta", ya que los acusados de perpetrarlo -Ibon Etxezarreta y Jesús María Carrasco- fueron absueltos, colocaron el coche-bomba en las proximidades del apeadero del tren de cercanías del barrio de Martutene.