Desde el comienzo de la instrucción del caso Mercasevilla, que derivó luego en el macrocaso de los ERE, luego el del fraude del curso de la formación y el de los avales arbitrarios de la Junta a empresas "amigas", los ataques a la juez Alaya, tildada como "la más grande" en los juzgados de Sevilla, han sido incesantes. El mismo destino sufrieron otros jueces que examinaron casos vinculados al PSOE como Filesa -Marino Barbero- y el juez Ángel Márquez, que instruyó el caso Juan Guerra.
Además de los ataques sucesivos contra su marido, auditor de profesión, cuya labor ha sido puesta en duda en varias ocasiones durante estos años, el primer ataque de relevancia fue el perpetrado por Alfonso Guerra, que le atribuyó una amistad "especial" con el entonces presidente del PP, Juan Ignacio Zoido, que había sido decano de los jueces de Sevilla. Guerra oyó campanas pero no supo dónde antes de proferir lo que el Consejo General del Poder Judicial llamó ataque sexista. Tan sexista fueron los comentarios del enemigo número uno de su instrucción, el consejero de Justicia e Interior de la Junta, Emilio de Llera, que celebró en 2012 que siguiera "tan guapa" pese a trabajar tanto. Ya en mayo de ese año, a los pocos días de tomar posesión, de Llera ya advirtió que no estaba de acuerdo con sus actuaciones procesales.
El mismo de Llera, que llamaba "rollo" al caso ERE, cuando la juez Alaya enfermó durante seis meses, aprovechó para exigir su apartamiento de los casos señeros de corrupción andaluces. A finales de 2012, Emilio de Llera, consideró necesario "tomar una decisión" para apartar definitivamente a la juez Alaya del caso de los ERE, con fundamento en su incapacidad laboral transitoria. De hecho, se nombró a un sustituto y luego a una sustituta, Ana Curra, que no tenía buena relación con la juez Alaya, un caso que parece calcado del de Núñez Bolaños. Finalmente, Alaya volvió al juzgado y no se consumó la operación.
De Llera quiso que la operación Enredadera-Madeja pasase a manos de la Audiencia Nacional porque se investigaba en distintas provincias y comunidades españolas. La Junta de Andalucía estaba intentando simultáneamente que se apartase a la juez del caso de la trama de los fondos de formación. En este intento, participaban el consejero de Llera y el propio presidente del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía, Lorenzo del Río que, se ha sabido ahora, cobraba en secreto de la Junta el alquiler de su vivienda en Granada. También atacó a la juez la defensa del exconsejero Ojeda, que consideró que la causa debe ser anulada "por existir resoluciones dictadas por un órgano judicial distinto al que le hubiera correspondido por normas de reparto".
Lorenzo del Río, presidente del TSJA, también criticó el inicio de la causa de los cursos de formación porque Alaya, al evitar presentar el testimonio de Montes para reparto entre los jueces o al Juzgado de Instrucción 4 de Sevilla, que había archivado la denuncia del mismo funcionario de la Junta años atrás, podría haber vulnerado el derecho al juez natural predeterminado por ley. "No es el procedimiento normal", sentenció.
No era la primera vez que Lorenzo del Río cuestionaba la forma de instruir de la juez Mercedes Alaya tanto en la causa de los cursos de formación como en el caso Betis, que ahora se ha resuelto con el despeje de toda sospecha respecto del comportamiento de la juez Alaya.
De Llera insinuó que la presencia del marido de la juez Alaya como auditor en el caso Betis era sospechosa. Dijo esto: "El juez tiene que valerse de peritos absolutamente imparciales y no peritos que sean de su confianza por su relación personal y mucho menos intentar enriquecer a familiares o amigos de familiares otorgándoles la posibilidad de actuar como un perito. Eso es muy lógico y desde luego cabe la recusación de cualquier juez que haga eso. Yo espero que si se da esa situación, ante la recusación responda un tribunal superior y acuerde la recusación de ese juez".
Un poco antes, abril de 2012, el ahora imputado y entonces secretario general de UGT Andalucía, Manuel Pastrana, llamó "opereta" a sus actuaciones contra el exconsejero Antonio Fernández, asimismo imputado en el caso. Pastrana consideró "absolutamente radical" que la juez Alaya hubiese ordenado el ingreso en prisión sin fianza del exconsejero de Empleo de la Junta de Andalucía Antonio Fernández, calificando "opereta" el caso de los expedientes de regulación de empleo -ERE- así como las actuaciones del propio juzgado.
Recuérdese que en 2013 el entonces presidente del Tribunal Supremo y del CGPJ, Gonzalo Moliner, bajó a Sevilla a amenazar a la juez. "Si se sigue demorando" el caso ERE, dijo, se tomarían medidas que podrían llevar a la apertura de expediente disciplinario, le advirtió este magistrado perteneciente a Jueces para la Democracia.
Un punto culminante llegó tras imputar la juez a Magdalena Álvarez. El PSOE salió en tromba a criticar a la juez y, prácticamente, acusarla de prevaricación. Curiosa actitud de un PSOE que acusa sistemáticamente al PP de arremeter contra los jueces cuando no les gustan sus resoluciones.
Luego vinieron los ataques de Manuel Chaves y Gaspar Zarrías, tras comprobarse que el Supremo admitía el enfoque de la juez. Finalmente, se ha asistido a la sucesión de Alaya, que optó a la Audiencia de Sevilla creyendo que iba a seguir la instrucción de sus casos, por una juez, amiga del consejero de Llera, que está dinamitando la instrucción de los casos más importantes de corrupción de la historia de la democracia en Andalucía y en España.