Dos de los tramos del corredor ferroviario del AVE entre Córdoba y Málaga sufrieron sobrecostes superiores al 90 por ciento, del 92 y del 90,9% respectivamente. De este modo se demuestra que los sobrecostes eran habituales mientras Magdalena Álvarez gestionó las infraestructuras en España desde el ministerio de Fomento.
Estos tramos corresponden a las obras de plataforma de los subtramos Gobantes-Túneles Abdalajís Este y Gobantes-Túneles Abdalajís Oeste, iniciadas el 7 de mayo de 2002 y culminadas el 23 de enero de 2008, con Magdalena Álvarez ya como ministra de Fomento.
La Razón informa de que el primero de los proyectos tenía un precio de licitación de 125,36 millones de euros, pero fue adjudicado por 117,58 millones. Sin embargo, el coste final fue de 225,84 millones, un 92% por encima del precio de adjudicación. El otro tramo, licitado por 133,35 millones y adjudicado finalmente por 122,83 millones, se disparó un 90,9%, hasta los 233,01 millones que fue su coste final.
Fue el resultado de una nueva mala investigación previa, que fue lo que recomendó el Tribunal de Cuentas: más recursos para los estudios previos para evitar dilaciones y sobrecostes. Sin embargo, más estudios previos disparan asimismo el coste de los proyectos, algo que las administraciones no quieren admitir.
En el caso del AVE Málaga-Córdoba, las obras dañaron el acuífero de la Sierra de Abdalajís y Adif. El ente encargado de la construcción de las infraestructuras ferroviarias tuvo que garantizar el aporte de agua potable y para los agricultores por medio de obras complementarias como camiones, cuba, perforación y ejecución de pozos de suministro y sistemas de canalización del agua que sale de ambos túneles para su tratamiento y posterior suministro. Según la ministra de Fomento, Ana Pastor, durante el Gobierno socialista, los sobrecostes de las infraestructuras rondaron los 8.000 millones de euros.