En un convenio firmado por la Junta de Andalucía hace 23 años reconoció la titularidad del monumento al Cabildo Catedralicio de Córdoba. En el acuerdo firmado el 19 de diciembre de 1991 por el entonces consejero de Cultura y Medio Ambiente de la Junta, Juan Manuel Suárez Japón, y el deán del Cabildo de la catedral, Alonso García Molano, para la "conservación, mantenimiento, custodia y mejor cumplimiento de la función social de la catedral, antigua mezquita", ambas partes acordaron "proseguir en esta línea", que no es otra que "el Cabildo de la S.I. catedral, como titular del monumento, viene desempeñando los deberes de conservación, mantenimiento y custodia en los términos exigidos por la ley 16/1985 de 25 de junio, del Patrimonio Histórico español".
El acuerdo, destacado por La Razón, contradice el argumento "populista" de los defensores de la campaña por la expropiación. Estos, como es sabido, aducen como razón de la expropiación el peligro de deterioro del monumento. Por ello, piden que intervengan "las administraciones públicas" y "la Unesco con el fin de preservar del peligro que corre su declaración como Patrimonio Mundial".
Aprovechan así la Ley de Patrimonio Histórico que incluye en su texto que "para la expropiación de estos bienes sólo se considera causa legítima la existencia de un peligro de destrucción o deterioro o un uso incompatible con sus valores".
Pero el acuerdo de la Junta presidida entonces por Manuel Chaves recogía "la redacción" y la adecuada "ejecución de las obras correspondientes" de dos proyectos de restauración de la mezquita: la segunda fase de la restauración de la torre y de la capilla del Inca-Garcilaso.
Por tanto, ni en 1991, año de este acuerdo, ni en 1996, fecha de la inmatriculación del templo por parte de la Iglesia, había duda alguna sobre la titularidad del monumento. La Junta, que ahora ha encargado un estudio jurídico sobre la titularidad del complejo monumental, atribuía sin problemas hace años al Cabildo. Es más, consideraba que éste debía asumir "los gastos de mantenimiento y custodia de la catedral", así como "del personal necesario para el culto y visita al monumento y otras necesidades e imprevistos". Además, debía encargarse de "la retribución al personal necesario para mantener la vigilancia y buen funcionamiento del monumento y sus servicios" o la "limpieza y gastos de consumo de energía eléctrica".
Gracias a este acuerdo, se impulsaron "proyectos de restauración de los Bienes Inmuebles de Interés Cultural (BIC), o incluidos en el inventario general del Patrimonio Histórico Andaluz", y se dejó claro que correrían a cargo del Cabildo "todos los gastos de funcionamiento" de la catedral. Además, este convenio firmado en el año 1991 –de "naturaleza administrativa", con vigencia mientras no fuera denunciado por alguna de las partes y que contaría con el seguimiento de una ponencia técnica mixta entre la Junta y los obispos de la Iglesia– incorporaba la posibilidad de que la Junta de Andalucía pudiera celebrar, "previa comunicación y aprobación del Cabildo", conciertos de música.