Tal día como hoy, 19 de marzo, pero de 2012, Libertad Digital contaba en su portada la tensión que hubo entre Ana Pastor y Rafael Correa durante la entrevista que le hizo la periodista. El presidente de Ecuador se mostró durante toda la entrevista maleducado y desafiante, interrumpiendo a la entrevistadora cuando le exponía las críticas que había a su manera de gobernar.
Además, el presidente latinoamericano insistió en llamarla en varias ocasiones "Anita" a lo que la periodista le respondió que "no estoy acostumbrada a responder preguntas ni a que me llamen Anita". A pesar de la reprimenda, el presidente ecuatoriano volvió a referirse a ella así cuando se despidieron: "Buenos días, Anita".
Muchas entrevistas de Ana Pastor se han visto rodeadas de la polémica. Las más destacadas fueron las realizadas a José Bono, que la llamó "señorita Rottenmeier"; a Esperanza Aguirre le dijo que "los asuntos importantes no los decide usted", dejando ver que la presidenta del PP madrileño orienta los contenidos de Telemadrid; Cospedal le dijo en otra entrevista que "los servicios informativos de TVE no son objetivos ni imparciales"; o con el presidente iraní Mahmud Ahmadineyad, se vio cómo se le cayó el velo que cubría su pelo.
Tras su paso por el Ente Público, la periodista hizo varias entrevistas para la CNN, y el grupo Atresmedia, integrado por La Sexta y Antena 3, anunció su fichaje y que se haría cargo de un nuevo programa de entrevistas, El Objetivo. Tras el estreno se jactó de que "hay varios políticos que ya se han cabreado. Pero esto no es ninguna novedad. Públicamente alguien del PSOE se quejó por el tema de los ERE, pero yo ya estoy acostumbrada a que nos digan cómo tenemos que hacer nuestro trabajo y ya he dicho muchas veces que es algo que a mí no me gusta".
Una de las entrevistas más polémicas en su nueva etapa fue la realizada al ministro de Cultura, Educación y Deportes, José Ignacio Wert. Nada más empezar, Ana Pastor hizo una "autocrítica" poniéndole frente a sus contradicciones y entresacando algunas frases del ministro para que entrara en materia. La entrevistadora llegó a decirle que el examen de reválida es franquista "como usted", aunque se apresuró a aclarar: "Como usted dijo en una ocasión".
El tiro le salió por la culata a Ana Pastor porque el ministro le recordó que el examen de reválida no era un invento de Franco sino de Fernando de los Ríos, ministro socialista de Educación en la II República. Tanto Wert como De los Ríos estaban empeñados en formar a los alumnos, haciéndoles exámenes periódicos para promover el talento, estimular el esfuerzo y engrandecer el horizonte académico nacional.
También fue tensa la entrevista que tuvo con Marine Le Pen sobre todo cuando tocaron el tema de la inmigración. La ultraderechista francesa dijo que "ya no hay sitio para los inmigrantes en Europa", por lo que la entrevistadora le preguntó si "utilizaría al ejército". Le Pen dijo que "cortaría los reclamos. Los atraemos a nuestra casa, es irresistible para ellos. Pediría a la Marina que intercepte los barcos para asegurarlos y devolvería a sus países de origen porque cada vez que se intercepten los barcos para traerlos a Europa otros intentarán esta aventura".
Entonces tomó las riendas de la entrevista la política francesa y le hizo varias preguntas a Ana Pastor que contestó algo molesta. "Usted da dinero a las asociaciones de inmigrantes?" "Sí". "¿A título personal?" "Sí, por supuesto". "¿Y los acoge en su casa?". "Sí, ¿y? ¿A usted le parece una ingenuidad?". "Entonces es usted la excepción", cerró la ultraderechista. Ana Pastor quiso terminar el debate diciendo que "no, no soy una excepción, hay mucha gente en España que cree en este tipo de política, pero da igual, la protagonista no soy yo".