Tal día como hoy, 27 de junio, pero de 2011, Libertad Digital contaba en su portada que "María San Gil relata sin tapujos su trágica experiencia con el obispo Setién". La expresidenta del PP vasco contó en su libro En la mitad de la vida su dolorosa relación con la institución eclesiástica en su tierra durante los años más duros de ETA, especialmente con Setién como obispo en activo.
Indicó San Gil que "como sociedad hemos dejado mucho que desear. Y no sólo me refiero a las instituciones políticas, porque en el País Vasco incluso la institución eclesiástica ha adolecido de falta de ejemplaridad e incluso de falta de caridad". Hay que recordar los entierros nocturnos de guardias civiles y policías, que salían por las puertas traseras de las iglesias y que debían tener santa sepultura de madrugada, como si ellos fueran los delincuentes.
Pero la imagen que marcó a la entonces dirigente vasca fue "la foto del obispo Setién pasando de largo delante de los hijos de José María Aldaya concentrados para pedir la liberación de su padre y no deteniéndose para darles unas palabras de ánimo y consuelo". Para María San Gil, "aquel gesto no ayudó a mejorar la imagen que de Setién teníamos gran parte de los fieles. De Setién sabíamos, entre otras cosas, que durante los funerales prohibía dentro de las iglesias la bandera española sobre los féretros de los guardias civiles asesinados por ETA".
San Gil contó también que pensaba que podría cambiar la actitud de Setién si hablaba con él. Relató con dolor que "le puse el ejemplo de lo que sufría mi madre, pensando que me podía pasar algo y que nunca, a pesar de ir todas las semanas a misa, había recibido una palabra de consuelo o de ánimo". El obispo se limitó a contestar que "¿Cómo voy a saber que tu madre sufre si no me lo cuenta?". San Gil relató en su libro que "quizás las madres de los presos de ETA sí le contaban sus penas, porque les llegó incluso a ceder los bajos de la catedral del Buen Pastor para que hicieran sus encierros".
Setién llegó a preguntar a San Gil que "dónde está escrito que hay que querer a todos los hijos por igual". "Mi obispo me dejó muy claro que, para él, había fieles de primera y fieles de segunda". La gravedad del gobierno de José María Setién fue tal que el Vaticano se vio obligado a intervenir. En el año 2000 le obligó a presentar su renuncia bajo el pretexto de problemas de salud, a pesar de que aún le quedaba un mínimo de tres años al frente de la Diócesis.
Tanto José María Setién como Juan María Uriarte se empeñaron en quitar la voz y el voto a las víctimas del terrorismo incluso después de ser relegados de su cargo por Munilla e Iceta. Uriarte, que es tío de la abogada de etarras Jone Goirizelaia, dijo que a las víctimas "no les corresponde tener un peso decisivo" ni tampoco "inhibir los movimientos del Gobierno que puedan conducir a la reconciliación". El prelado emérito de Bilbao considera que no hay un acuerdo sobre quiénes son las víctimas de todos estos años de terrorismo y que para identificarlas no hay que atender "a la causa defendida" sino “al sufrimiento hondo padecido en esta confrontación”.