Ni Marc Márquez (Repsol Honda RC 213 V) ni Jorge Lorenzo (Yamaha YZR M 1), lograron su objetivo de ser los más rápidos de MotoGP en los entrenamientos oficiales del Gran Premio de Malasia en el circuito de Sepang, en donde se impuso el también español Dani Pedrosa (Repsol Honda RC 213 V), mientras el italiano Valentino Rossi relegó a la segunda línea a su rival por el título y compañero de equipo, el español Jorge Lorenzo.
La lucha entre los dos pilotos de Yamaha se acabó resolviendo en primera instancia en favor de Dani Pedrosa, que será el primero en la formación de salida y, posteriormente, en favor del transalpino, que en su última vuelta rápida relegó a la segunda línea un Jorge Lorenzo que no pudo disimular su "cabreo" por tal hecho y tras llegar a taller lo abandonó directamente sin quitarse si quiera el casco protector.
Dani Pedrosa marcó un nuevo récord del circuito con un registro de 1:59.053, que es nuevo récord absoluto de la categoría y bate en casi medio segundo el tiempo que por la mañana consiguiese Jorge Lorenzo, 1:59.544.
En la última sesión de entrenamientos libres, con todos los pilotos buscando el límite y la mejor puesta a punto de sus motos, Jorge Lorenzo sufrió una caída sin consecuencias al final de la primera recta, un percance "limpio", al quedarse sin neumático delantero y deslizarse por el suelo sin apenas revolcón.
Lorenzo, con prisas por continuar, apagó su moto y se fue corriendo al taller a coger la segunda para concluir los entrenamientos, lo que hizo en la cuarta posición, por detrás de los dos pilotos de Repsol Honda, Dani Pedrosa y Marc Márquez, además del italiano Andrea Iannone sobre la Ducati Desmosedici GP15.
En la segunda clasificación fue Marc Márquez el primero en ponerse al frente con 1:59.682, seguido literalmente por Jorge Lorenzo a 55 milésimas de segundo, pero todavía tenía que pasar por la recta de meta Dani Pedrosa (Repsol Honda RC 213 V) que estableció un nuevo récord de vuelta más rápida al rodar en 1:59.053, en tanto que Valentino Rossi no era capaz, en esa primera serie de vueltas, de romper la barrera de los dos minutos (2:00.310) y era quinto.
En la segunda salida la "alianza italiana" quedó en evidencia cuando el italiano Andrea Iannone (Ducati Desmosedici GP15) esperó a la salida de la línea de talleres a Valentino Rossi y ambos comenzaron una segunda serie de vueltas rápidas en la que el nueve veces campeón del mundo italiano rompió por primera vez la barrera de los dos minutos para colocarse cuarto con 1:59.810, por delante de Andrea Iannone.
En al siguiente salida y ya con Valentino Rossi por delante, el campeón italiano consiguió un 1:59.726 que, por apenas once milésimas de segundo, le otorgó la tercera posición al italiano, por delante de Jorge Lorenzo, que vio afectada su última vuelta rápida al caerse por delante de él el también español Aleix Espargaró (Suzuki GSX-RR), que fue undécimo, con su hermano Pol Espargaró (Yamaha YZR M 1) duodécimo.
Al margen de esa pelea, Dani Pedrosa supo hacer su trabajo con la Repsol Honda RC 213 V y con el tiempo que marcó en su segunda vuelta de las siete que completó resultó suficiente para conseguir su primera mejor clasificación de entrenamientos de la temporada, por delante de Marc Márquez, que logró su mejor vuelta en el último giro y con un margen muy alto respecto a su compañero de equipo, pues acabó a más de cuatro décimas de segundo de él.
La primera clasificación vio un duelo entre el español Maverick Viñales (Suzuki GSX-RR), el británico Bradley Smith (Yamaha YZR M 1), el alemán Stefan Bradl (Aprilia RS-GP), el italiano Danilo Petrucci (Ducati Desmosedici GP14.2) y el también inglés Scott Redding (Honda RC 213 V), muy enojado con su rendimiento, que acabó decantándose de parte de los dos primeros, con Álvaro Bautista (Aprilia RS-GP) decimoséptimo y Toni Elías (Forward Yamaha) vigésimo primero.
