Primera eliminatoria:
1. FC Chornomorets Odesa (UKR) - Hapoel Tel-Aviv FC (ISR)
2. SC Braga (POR) - AC Chievo Verona (ITA)
3. FC Levadia Tallinn (EST) - Newcastle United FC (ING)
4. Molde FK (NOR) - Rangers FC (SCO)
5. R. Standard de Liéje (BEL) - RC Celta de Vigo (ESP)
6. Maccabi Haifa FC (ISR) - PFC Litex Lovech (BUL)
7. Derry City FC (IRL) - Paris Saint-Germain FC (FRA)
8. Hertha BSC Berlín (GER) - Odense BK (DIN)
9. Legia Varsovia (POL) - FK Austria Viena (AUT)
10. Panathinaikos FC (GRE) - FC Metalurg Zaporizhzhya (UKR)
11. FC Lokomotiv Moscú (RUS) - SV Zulte Waregem (BEL)
12. AC Sparta Praga (CZE) - Heart of Midlothian FC (SCO)
13. Fenerbahce SK (TUR) - Randers FC (DIN)
14. FC Salzburgo (AUT) - Blackburn Rovers FC (ING)
15. FC Schalke 04 (GER) - AS Nancy-Lorraine (FRA)
16. Ethnikos Achnas FC (CHI) - RC Lens (FRA)
17. FC Slovan Liberec (CZE) - Estrella Roja (SCG)
18. AZ Alkmaar (NED) - Kayserispor (TUR)
19. FC Rubin Kazan (RUS) - Parma FC (ITA)
20. Brondby IF (DEN) v Eintracht Frankfurt (GER)
21. Atromitos FC (GRE) - Sevilla FC (ESP)
22. Besiktas JK (TUR) - CSKA Sofía (BUL)
23. Vitória FC (POR) - SC Heerenveen (HOL)
24. Olympique de Marsella (FRA) - FK Mladá Boleslav (CZE)
25. Atvidabergs FF (SUE) - Grasshopper-Club (SUI)
26. AFC Rapid Bucurest (RUM) - CD Nacional (POR)
27. Trabzonspor (TUR) - CA Osasuna (ESP)
28. FC Basel 1893 (SUI) - FK Rabotnicki (MKD)
29. West Ham United FC (ING) - US Cittá di Palermo (ITA)
30. Feyenoord (HOL) - PFC Lokomotiv Sofía (BUL)
31. MFK Ruzomberok (SVK) - Club Brujas KV (BEL)
32. FC Sion (SUI) - Bayer 04 Leverkusen (GER)
33. FK Partizan (SCG) - FC Groningen (HOL)
34. Skoda Xanthi FC (GRE) - FC Dinamo 1948 Bucurest (RUM)
35. SK Slavia Praga (CZE) - Tottenham Hotspur FC (ING)
36. IK Start (NOR) - AFC Ajax (HOL)
37. FC Artmedia (SVK) - RCD Espanyol (ESP)
38. Wisla Cracovia (POL) - Iraklis FC (GRE)
39. AS Livorno Calcio (ITA) - SV Pasching (AUT)
40. NK Dinamo Zagreb (CRO) - AJ Auxerre (FRA)
Los partidos de ida se disputarán el 14 de septiembre y los de vuelta el día 29 del mismo mes.