Las esponjas tienen entre 18.000 y 30.000 genes, una cantidad muy similar a la de la mosca de la fruta, los gusanos y el hombre. El análisis de su genoma también "apoya la idea de que las esponjas son la raíz del árbol evolutivo entre los animales. De hecho, aunque carezcan de órganos como músculos, nervios o tejido epitelial, las proteínas que las células nerviosas utilizan para comunicarse entre sí o aquellas necesarias para formar tejido epitelial, sí están codificadas en sus genes.
Las esponjas también tienen genes vitales para el sistema inmune de todos los animales: aquellos que comunican al organismo que hay una célula extraña en el cuerpo.
Otro hecho que apoya la teoría es la presencia de 705 genes (más que cualquier otro animal) que codifican quinasas, proteínas que adhieren una molécula de fosfato a otra proteína. Este proceso se conoce como fosforilación y es el responsable de activar o desactivar ciertas enzimas causando o previniendo enfermedades como la diabetes o el cáncer.
Respecto a esto último, Srivastava asegura que "algunos de los genes que compartimos humanos, esponjas y muchos otros animales, son los mismos involucrados en el cáncer. De modo que esta enfermedad es de organismos multicelulares. El cáncer surge cuando nacen estos organismos."