El historial clínico es largo, y se remonta a cuando Karol Wojtyla, con 24 años de edad, fue atropellado por un vehículo militar alemán, lo que le dejó en coma durante nueve horas. Desde entonces gozó de buena salud hasta que, el 13 de mayo de 1981 sufriera el atentado en la Plaza de San Pedro de Roma. En aquella ocasión, el Karol Wojtyla fue herido de gravedad por el turco Ali Agca y tuvo que ser ingresado en el policlínico romano Agostino Gemelli donde fue intervenido quirúrgicamente. En la operación, de cinco horas y veinte minutos, le fueron extirpados 55 centímetros de intestino. Diecisiete días después de haber sido dado de alta, el 20 de junio de 1981, volvió a ser ingresado en el mismo hospital para ser tratado de una infección de cytomegalovirus, derivada de su intervención anterior.

En 1992 se le manifestó un tumor en el colon, por lo que fue intervenido el 12 de julio en el Gemelli; una operación de cuatro horas en la que le fue extraído un tumor benigno, le fue extirpada la vesícula biliar y detectados cálculos biliares. Un año después, el 11 de noviembre de 1993, en el transcurso de una audiencia, sufrió una caída que le produjo una luxación del hombro derecho con fractura de la glena, y ese mismo día fue intervenido quirúrgicamente. Tres días más tarde, en su primera aparición pública tras el accidente, tuvo que bendecir a los presentes en la plaza de San Pedro con la mano izquierda.

Los problemas de salud del Papa no han cesado en estos años, y de hecho el 29 de abril de 1994 el Papa volvió a ser ingresado por quinta vez en el mismo hospital, ya que se fracturó el fémur derecho en una caída. Juan Pablo II ha sido el primer Papa internado en un hospital fuera del Vaticano, a diferencia de otros pontífices como Juan XXIII y Pablo VI, que también fueron sometidos a intervenciones quirúrgicas, pero para quienes se instalaron quirófanos en la sede apostólica.

El 25 de diciembre de 1995 el Papa no pudo concluir la lectura del mensaje de Navidad a causa de un proceso gripal que el impidió, asimismo, oficiar la misa de la mañana de Pascua. No tardaría en quebrarse su salud, ya que en marzo de 1996 un trastorno digestivo le hizo guardar reposo durante una semana. En menos de tres meses padeció otros dos trastornos intestinales, y el 13 de agosto de 1996, un día después de que sufriera un "ligero malestar" abdominal fue sometido a una prueba de escáner en el hospital Regina Apostolarum de Albano. En el mismo año, el siguiente 8 de octubre, el Sumo Pontífice volvía a ser ingresado en el Hospital Gemelli de Roma. En aquella ocasión sería intervenido -con anestesia general- de apendicitis, tras lo cual se procedería a la eliminación de adherencias loco-regionales. Sería dado de alta el 15 de octubre.

Karol Wojtyla padecería una gripe en febrero de 1997, mientras que una afonía en noviembre del mismo año le impide celebrar una misa por los cardenales y obispos difuntos. Al año siguiente Juan Pablo II sufriría un pequeño desvanecimiento antes de comenzar una ceremonia litúrgica, el once de enero, mientras que una nueva gripe le apartaría de sus quehaceres habituales el 18 de diciembre interrumpió.

La debilidad física de Juan Pablo II, que ha sobrellevado con una enorme fortaleza de espíritu, se pondría una vez más de manifiesto el 12 de junio de 1999, durante su octavo viaje a Polonia, ya que volvió a sufrir una caída en su residencia de la Nunciatura en Varsovia. Se le formó una herida por la que le fueron aplicados tres puntos de sutura. Dos días después, el día 14 de junio, Juan Pablo II suspendió en Cracovia (Polonia) su actividad pastoral por otro resfriado, reposó todo el día 15 en el Palacio Arzobispal, y al día siguiente se desplazó a Starysacz en automóvil.

Por lo que se refiere al continuo temblor de la mano izquierda del Papa, se sabe que tiene un origen extrapiramidal, achacable a la enfermedad de Parkinson, dolencia que el Vaticano nunca ha confirmado. Aquejado desde febrero de 2002 de una artrosis de rodilla, Juan Pablo II redujo por motivos de salud su participación en la Semana Santa de ese año. Por primera vez en sus años de Pontificado, no pudo oficiar la misa del Domingo de Ramos, aunque sí la presidió. Lo mismo ocurrió con la misa Crismal del Jueves Santo. No pudo, tampoco, cumplir el rito del lavatorio de pies a los doce presbíteros, y aunque presidió el Vía Crucis del Viernes Santo en el Coliseo de Roma, no hizo el recorrido a pie y portó la Cruz sólo en la última estación.
Con una salud cada vez más debilitada, el Sumo Pontífice llegó el 11 de septiembre de 2003 a Bratislava (República de Eslovaquia), donde por primera vez el no pudo finalizar la lectura del discurso de llegada al país, que visitaba por tercera vez. Días después, el 24 de septiembre de 2003 una "indisposición intestinal" le impidió asistir a la habitual audiencia general de los miércoles en la plaza de San Pedro.

El año pasado los achaques del Sumo Pontífice se repitieron. Cuando viajaba al Santuario de Lourdes, en el mes de agosto, se vio obligado a realizar largas pausas en las lecturas de la misa. Cuando se arrodilló, para orar en la gruta del santuario se sintió, además, indispuesto. El primer día de febrero de este año Juan Pablo II sería ingresado de nuevo en la Policlínica Gemelli "por precaución" a causa de una laringotraqueítis aguda, aunque al día siguiente se decidió prolongar la estancia del obispo de Roma por unos días. Finalmente abandonó la Policlínica el 10 del mismo mes.

El jueves 24 de febrero el Santo Padre sufrió una crisis respiratoria que le llevó de nuevo a la Policlínica Gemelli, donde se le practicó una traqueotomía, de las 20:20 a las 20:50. Habían pasado dos semanas desde el alta de la anterior hospitalización. Después de la intervención los médicos recomendaron reposo absoluto. El domingo 13 de marzo abandonó la clínica, pero poco antes de hacerlo se dirigió al público con las primeras palabras pronunciadas en público tras su reciente intervención, pronunciadas con voz clara.

Tres días más tarde el Santo Padre se dirigió a los fieles congregados en la Plaza de San Pedro desde una ventana del Vaticano, pero el domingo siguiente, ya 20 de marzo, sólo pudo bendecir sin palabras el primer Domingo de Ramos que no preside la misa. El Papa agitó una rama de olivo con la que pudo saludar y bendecir a los 50.000 fieles que asistieron frente al palacio.

El miércoles 23 se suspendió la habitual audiencia pública, pero Karol Wojtyla pudo saludar a los fieles desde su habitación. Pese a no poder asistir a la misa del Jueves Santo, el portavoz del Vaticano Joaquín Navarro Valls aclaró que "el Papa trabaja con absoluta lucidez". Su debilidad física no le permitió seguir el vía crucis más que por videoconferencia el viernes, 25. Tras el domingo de Resurrección Juan Pablo II impartió la bendición "Urbi et Orbi" con evidentes signos de cansancio y sin poder pronunciar las últimas palabras rituales. El lunes de Resurrección su evidente debilidad le impidió también por primera vez en sus 26 años de papado asomarse a la Plaza de San Pedro para el rezo del Regina Coeli.

El miércoles 30 se le implantó al Santo Padre una sonda nasogástrica para facilitarle la deglución de los alimentos. El jueves siguiente la salud de Juan Pablo II vuelve a sufrir un revés del que ya no se recuperará. El Vaticano aseguraba que el Papa padecía una fuerte fiebre y que su salud se había agravado. Acrecían los problemas respiratorios del Santo Padre, que mostraba por otro lado una evidente delgadez que preocupó al colegio médico. El mismo jueves por la tarde, el Papa sufrió un choque séptico con colapso cardiorrespiratorio tras habérsele detectado una infección en las vías urinarias. Esa misma tarde recibió la extremaunción.

Joaquín Navarro Valls confirmó el viernes 1 de abril la crítica situación de la salud de Wojtyla, pero desmintió la información que había saltado el mismo día que aseguraba que había entrado en coma. De acuerdo con el presidente emérito del Consejo Pontificio de las Comunidades Sociales Andrea Deskur, compatriota y amigo de Juan Pablo II, la vida del Santo Padre "se apaga serenamente", y él mantiene una "cierta conciencia". Navarro Valls había aclarado que se encontraba "consciente, lúcido y sereno" pese a la gravedad. Para entonces se esperaba un rápido desenlace, que finalmente se produjo el sábado, 2 de abril.

El estado de salud de Juan Pablo II en los últimos años ha abierto un debate sobre la renuncia de los Papas. El diario La Repubblica mencionaba recientemente un estudio secreto encargado por el Santo Padre a mediados de los 90', en el que solicitó al cardenal Vicenzo Fagiolo, experto en derecho canónico y ponente en el Concilio Vaticano II, que estudiara los antecedentes de dimisión de los Papas. Este informe concluía que el Papa sólo puede dimitir en caso de incapacidad mental con el objetivo de evitar el cisma que se podría producir en la Iglesia, con un Papa retirado y otro en el Gobierno. La renuncia cuenta con un precedente, cuando en 1294 San Celestino V renunció libremente y en pleno uso de facultades a su cargo, en medio de una lucha política por la silla pontifical entre el Rey de Francia y la oligarquía de Roma.