Muchos le señalan como la persona que movió los hilos de la representación del 23-F. Cuando tuvo lugar el intento de golpe de Estado, el comandante José Luis Cortina ocupaba el cargo de jefe de la Agrupación Operativa de Misiones Especiales (AOME) del CESID. Un mes después fue destituido de su puesto, a petición propia, con objeto de facilitar las investigaciones. Aunque no participó en el asalto al Congreso, sus frecuentes contactos con Tejero mientras se prepara el mismo, así como las declaraciones el teniente coronel de la Guardia Civil, le envolvieron dentro del proceso.

Según ha publicado el diario El Mundo, Cortina y el entonces secretario general del CESID -en la actualidad director del mismo- Javier Calderón organizaron una unidad especial denominada Sección Especial de Agentes (SEA) para facilitar a Tejero el asalto al Parlamento. La SEA, aunque adscrita a la AOME, dependía directamente de Cortina.

Se le recluyó en la prisión militar de Alcalá de Henares. El fiscal Togado pidió para él doce años de prisión y separación del servicio. Sin embargo, resultó absuelto por falta de pruebas. Continuó con su carrera militar hasta alcanzar el empleo de Coronel.

Fue retirado del servicio activo en 1991 por la filtración a la prensa de unos supuestos planes de intervención militar española en la Guerra del Golfo. Si bien no se pudo demostrar su implicación directa en dicha filtración sí se consideró probada una "falta grave por negligencia en la custodia de secretos oficiales".