En un escrito de 41 páginas que lleva la firma del fiscal-jefe de la Audiencia Nacional, Javier Zaragoza, el Ministerio Público sostiene que los delitos que Garzón pretende investigar prescribieron con la Ley de Amnistía de 1977, que se aplicó incluso a "miembros de organizaciones terroristas" y que no constituyen "crímenes de lesa humanidad", por lo que deberían ser investigados en los lugares donde se cometieron. Defiende además que con esta causa se perseguiría a unos responsables penales que están muertos, como es "público y notorio".
El recurso, estructurado en ocho puntos, sostiene que el juez Garzón quiere instruir "una causa general" sobre la Guerra Civil y el Franquismo que es "contraria a las exigencias del proceso penal" porque, según la Ley de Enjuiciamiento Criminal, por cada uno de los delitos debe abrirse "un único sumario". Así, según la Fiscalía, "las reglas de conexidad" que utiliza el instructor para enmarcar los hechos en un contexto de crímenes contra la humanidad "no justifica una acumulación de miles de hechos delictivos en un solo procedimiento".
"La pretensión de conocer todo y de todos en un solo procedimiento quiebra las más elementales reglas del proceso penal y aboca inevitablemente a una inquisición general prohibida en nuestra Constitución, particularmente proscrita por la doctrina constitucional", sostiene Zaragoza, quien cuestiona que las diligencias que el juez adoptó antes de admitir a trámite la denuncia (petición de información sobre los desaparecidos) resultaran esenciales para pronunciarse sobre su competencia.
No obstante, la Fiscalía destaca que la localización e identificación de las víctimas es una "justa pretensión" a la que nunca se ha opuesto la Fiscalía, como demuestra el hecho de que no recurriera las citadas diligencias. A este respecto, destaca que "las medidas precisas para la efectividad de la reparación", entre las que se encontraría la apertura de las fosas comunes, ya están contempladas por la Ley de Memoria Histórica, que "habilita legalmente a las administraciones públicas y al Gobierno para adoptar medidas que garanticen los derechos de las víctimas".
El recurso que sostiene el fiscal descansa en el argumento de que los hechos que Garzón pretende investigar no deberían constituir un delito permanente de detención ilegal sin dar razón del paradero y sin que haya aparecido el cuerpo, como argumentó el magistrado, sino muchos de asesinato ya que, a su entender, la muerte de los desaparecidos es "pública y notoria".
En este sentido, argumenta que el cómputo de la prescripción en el supuesto de detención ilegal comenzaría a contar "a partir del momento en que la situación de privación de libertad terminó, bien con la puesta en libertad del sujeto, bien por el notorio fallecimiento del mismo, como sucede en todos estos casos".
A este respecto, señala que el Código Civil reduce a un año el tiempo necesario para declarar la muerte de una persona cuando se encuentra desaparecida en situaciones de violencia derivadas de "una subversión de orden político y social". "Resulta contradictorio que el ordenamiento jurídico considere a una persona fallecida a todos los efectos y, por otro lado, se acuda a la ficción de considerarle vivo y detenido ilegalmente mientras no aparezca el cadáver", argumenta el recurso antes de añadir que en muchos de estos casos se declaró oficialmente el fallecimiento.
En otro punto de su escrito la Fiscalía califica de "disparate jurídico" que se pueda cuestionar "la legitimidad de origen" de la Ley de Amnistía, aprobada por las Cortes constituyentes en 1977, y atribuirle un "estigma de ley de impunidad" similar a las de Punto Final y Obediencia Debida aprobadas por Argentina en 1986 y 1987. Les diferencia, según el fiscal, que la ley española fue "una exigencia de las fuerzas políticas democráticas (..) aprobada por las Cortes nacidas de las primeras elecciones" y que las argentinas se dictaron "bajo la amenaza del golpe militar".
A su juicio, todos los hechos que pretende investigar Garzón "se incluyen sin excepción bajo la cobertura" de esta ley, que también amparó, según recuerda, a personas condenadas por delitos comunes como asesinatos y secuestros con motivación política que "en nada se diferencian de los sometidos a este proceso" e incluso a "miembros de diferentes organizaciones terroristas con crímenes de sangre". Todos, según el escrito, "se beneficiaron de sus efectos y extinguieron sus responsabilidades, precisamente, gracias a la acción de esa ley".
En relación con la consideración de estos hechos como crímenes contra la humanidad, pone de relieve que en el momento en que se produjeron tenían la tipificación de "delitos comunes", según el Código Penal de 1932, ya que los delitos de genocidio y lesa humanidad no se incorporaron al derecho penal internacional hasta 1945, con los juicios de Nuremberg.
Sobre la denominada 'cláusula Martens' (1899), que Garzón utiliza para justificar que el supuesto de crímenes contra la humanidad es anterior a 1936, la Fiscalía indica que puede ser considerada "el primer antecedente jurídico internacional que obliga a los estados a perseguir los abusos que se cometen en los conflictos armados sobre el personal civil combatiente", pero "no reúne los presupuestos de certeza y taxatividad que el principio de legalidad exige" para considerar que estaba vigente antes de 1945.
En relación con la competencia del órgano jurisdiccional, señala que, en virtud del principio de territorialidad de la ley penal, la competencia sobre estos hechos correspondería "a las audiencias provinciales y a los juzgados de instrucción" de los lugares donde se cometieron, y que en 1936 no existía el "delito contra altos organismos del Estado" con el que Garzón tipificó el Alzamiento Nacional para asumir la competencia de la causa.
Según la Fiscalía, la acción militar correspondería en todo caso a un delito de rebelión, que "nunca ha formado parte de los delitos contra la forma de Gobierno, ni en el Código Penal de 1932 ni en los posteriores". A ello añade que "la responsabilidad penal del presidente y miembros del Gobierno", en referencia al general Francisco Franco y los otros 34 altos cargos del régimen referidos por Garzón, "sólo es exigible ante la Sala de lo Penal del Tribunal Supremo".
El fiscal-jefe también justifica que haya presentado un recurso de apelación a la Sala de lo Penal y no uno de reforma ante el juez explicando que el auto por el que Garzón se declaró competente para instruir la causa "fue dictado" cuando el procedimiento constituía unas diligencias previas. En este sentido, recuerda que este auto no es firme hasta que no transcurran los plazos para formular los correspondientes recursos.
Así, afirma que "la rápida transformación posterior" en sumario que acordó el juez "no puede alterar el régimen de recursos" porque supondría "una flagrante vulneración del derecho". Además, pide que el recurso sea tratado por el Pleno de la Sala de lo Penal y no por un tribunal formado por tres magistrados debido a "la naturaleza y trascendencia" del asunto.