El presidente del Congreso aseguró que el obispo de San Sebastián, monseñor José Ignacio Munilla, es un hombre "extremadamente conservador, muy contrario a cualquier planteamiento progresista", por lo que dice saber de sus compañeros del seminario de Toledo donde se formó como sacerdote.
En este sentido, en una entrevista en Telemadrid, José Bono añadió que "a pesar de que sea vasco y que no sea nacionalista", es un hombre "muy de derechas", aunque advirtió de que "esto no es una valoración negativa y mucho menos una valoración moral negativa".
Por otro lado, Bono señaló que desde posiciones ideológicas "que todos identifican", dicen ahora "que los que querían un obispo vasco ya lo tienen". En este sentido, Bono matizó que "es cierto que Munilla es vasco y habla euskera", no como el obispo de Bilbao, monseñor Ricardo Blázquez, que fue recibido por el entonces presidente del PNV, Xabier Arzalluz, como un desconocido: "un tal Blázquez".
Sin embargo, concluyó que "eso no significa que tenga que ser ideológicamente coincidente con las tesis que han propugnado obispos vascos".
Por último, en referencia a sus convicciones religiosas, Bono aseguró que se siente dentro de la Iglesia, aunque no se siente ejemplo de nada, ni de nadie. "Soy un pecador y aspiro a seguir las contemplaciones evangélicas, porque me parece que es una de las formas de ejercer la solidaridad". Así, confesó que él defiende la "religión del amor, no la de la Inquisición, la excomunión y la pelea".