Desde que llegó como obispo a la Diócesis de San Sebastián, José Ignacio Munilla no lo ha tenido nada fácil. Incluso antes de que tomara posesión de la sede vasca ya fue rechazado por una parte importante de su clero y de los fieles, todos ellos respondiendo al perfil más nacionalista, que está inmerso en el denominado progresismo eclesial.
La situación de rechazo le causó también bastantes problemas a la hora de formar el equipo de gobierno de la Diócesis, cuyos miembros con Uriarte dimitieron de manera masiva en cuanto se conoció el nombramiento de Munilla.
El balance que se ha encontrado es desolador. Una iglesia con una escasez de fieles abrumadora y de vocaciones tal que pone en grave peligro el relevo de los sacerdotes de la Diócesis. Todo ello le ha llevado a ir poco a poco promoviendo una renovación de la iglesia local que mire más a Roma y no tanto a los postulados más nacionalistas.
Jose Ignacio Munilla ha hablado en muchas ocasiones sobre que el peor mal que acecha a la Iglesia Católica es la secularización interna en el seno de la propia institución eclesiástica. De hecho, el prelado guipuzcoano lo tiene muy claro, y así lo deja entrever en una entrevista en Religión Confidencial. Con mucha sutileza enumera los dos principales retos que tiene en San Sebastián: "tal vez el primero sea la comunión en el seno de la Iglesia. El segundo reto, cuando no el primero, es el de superar nuestra secularización interna".
Con estas dos afirmaciones ha señalado el mayor problema que vive su Diócesis. Buena parte de sus sacerdotes se ha mostrado contestataria con su nuevo obispo y se ha guiado más por criterios políticos que eclesiales. Y como es constatable, el nacionalismo ha dejado hecho un erial la Iglesia vasca. Por ello, ante la falta de confianza en el Seminario y en el ambiente que se vive actualmente en el clero guipuzcoano, Munilla se ha empeñado en cuidar con sumo cuidado a sus escasos seminaristas, este año sólo hay tres.
Por ello, en una polémica y valiente decisión que ha provocado el enfado de buena parte de la cúpula diocesana, el obispo ha decidido sacar a los seminaristas del País Vasco. Hasta ahora su Seminario estaba asociado a la Facultad de Teología de Vitoria mientras que, a partir de ahora, irán a estudiar a Pamplona, en el Seminario Archidiocesano, donde ya están los alumnos navarros y del Seminario Redemptoris Mater del Camino Neocatecumenal.
Este seminario está bajo el auspicio del arzobispo de Pamplona-Tudela, Francisco Pérez, anterior arzobispo castrense, al que Munilla considera un seguro confiar sus seminaristas durante su formación.
Esta decisión ha levantado ampollas entre buena parte del clero vasco. Algunos grupos de presión como el "Foro de Curas de Bizcaia" reproducen lo que se dijo en la reunión de Munilla con el Consejo Presbiteral, siempre según la versión de algunos de los presentes, que se opusieron frontalmente al obispo. Según esta versión, Munilla anunció el traslado de los seminaristas y les dijo que "la Sociedad y la Iglesia están muy secularizadas. Los sacerdotes de San Sebastián están secularizados; en general no oran, no acuden a Retiros ni a Ejercicios espirituales y no se confiesan".
Tras ponerles en esta realidad, una inmensa mayoría del Consejo habría rechazado esta medida que, sin embargo, ya está tomada, tal y como ha confirmado el propio prelado. El próximo curso los seminaristas guipuzcoanos estarán en Pamplona. Cabe recordar que el propio Munilla decidió ir a estudiar al Seminario de Toledo al no compartir la línea que impulsaba Setién, lo que le ha generado durante años la antipatía de parte de sus compañeros vascos.