Hace nuevos años, un informe elaborado por agentes de la Guardia Civil y remitido a la Fiscalía inició el proceso que ahora, salvo recursos judiciales, podría concluir con la sentencia que absuelve a los acusados del caso Egunkaria. Era el año 2001, y tras recibir el documento, se interpuso una querella para que se investigase si una serie de empresas, entre ellas, Egunkaria S.A., Egunkaria Sortzen y Egunkaria Sortzen Kultur Elkartea, formaban parte del entramado financiero de la banda terrorista ETA.
Los representantes del Ministerio Público colaboraron con las Fuerzas de Seguridad y el juez de Instrucción Juan del Olmo hasta que en 2003 cristalizó esa colaboración con una operación antiterrorista ordenada por el magistrado y que inició la clausura del diario. Durante años, trabajaron para que la clausura del diario y la condena de los imputados siguiese adelante.
El cambio llegó con la negociación política entre la organización terrorista ETA y el Gobierno Zapatero. En pleno proceso, en octubre de 2006, el Fiscal General del Estado, Cándido Conde-Pumpido, dejaba entrever que los fiscales facilitarían su labor negociadora al Ejecutivo. "El vuelo de las togas de los fiscales no eludirá el contacto con el polvo del camino", dijo.
El mensaje de Pumpido cristalizaría en diciembre de ese mismo año. El día 14, el Ministerio Público cambió de criterio y pidió sobreseer la causa contra los imputados por el caso Egunkaria. Según argumentó en su escrito el fiscal, Miguel Ángel Carballo, ya no se encontraban indicios suficientes que acreditasen la vinculación del periódico con ETA.
Hace apenas un mes, el diario El Mundo informaba de que José Manuel Gómez Benítez, actual vocal del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), y uno de los negociadores del Gobierno Zapatero con ETA, habría adelantado a la banda en las reuniones que mantuvo con los terroristas entre el 11 y el 15 de diciembre de 2006, que la Fiscalía retiraría su acusación contra los entonces imputados por el caso Egunkaria.