L D (EFE) El italiano aspira a ganar en este circuito su octavo título de campeón del mundo después de dos años en los que se ha visto superado por el estadounidense Nicky Hayden (Honda), en 2006, y por Casey Stoner, en 2007.
Por la tarde, a falta de 31 minutos para el final de la sesión, Pedrosa situó su Honda en la cabeza de la clasificación por delante de Stoner, Rossi, el estadounidense Colin Edwards (Yamaha) y el italiano Marco Melandri (Ducati), y con el español Jorge Lorenzo (Yamaha) muy retrasado, en el puesto decimonoveno. Lorenzo sufrió problemas con el neumático trasero y tuvo que usar hasta tres distintos.
El otro español de MotoGP, Toni Elías (Ducati), se salía levemente cuando quedaban 18 minutos para el termino de los segundos entrenamientos libres, pero evitaba la caída y, acto seguido, mejoraba su tiempo para colocarse en la quinta plaza provisional. Pero Stoner recuperaba la primera plaza cuando la sesión enfilaba su último tercio con un tiempo de 1:48.121.
El español del equipo oficial Honda trataba de mejorar el crono del de Ducati, pero tras marcar los dos primeros parciales fallaba al final y era segundo con 1:48.194 por delante de Rossi, tercero con 1:48.510. La cuarta plaza era para el italiano Andrea Dovizioso (Honda), con 1:48.770, por delante de su compatriota Loris Capirossi (Suzuki) y del francés Sylvain Guintoli (Ducati), quinto y sexto, respectivamente, con 1:48.779 y 1:48.794. Hayden, que se había impuesto en la primera sesión de entrenamientos, se clasificó por la tarde en la séptima plaza con 1:48.800, mientras que Melandri fue octavo con 1:48.945 y Elías fue noveno con 1:48.974.
Jorge Lorenzo, finalmente, no pudo superar la decimoquinta posición. El piloto de Yamaha paró el crono en 1:49.505 por detrás del británico James Toseland (Yamaha), con 1:49.424, y delante del australiano Chris Vermeulen (Suzuki) con 1:49.664.
A Valentino Rossi le vale un tercer puesto, que le daría dieciséis puntos para proclamarse campeón del mundo en Motegi a falta de tres carreras.