L D (Agencias) Hernando es actualmente el jefe de la Unidad Central Operativa (UCO), una suerte de órgano central en temas de policía judicial con el que cuenta el Instituto Armado y que, por tanto, se encarga de combatir el crimen organizado y casos relevantes de secuestros o asesinatos. El crimen de Fago o la recuperación de parte de los incunables robados en la Biblioteca Nacional son algunos de los últimos éxitos de la Unidad, que cuenta aproximadamente con 300 agentes.
La dilación del proceso judicial ha retrasado el nombramiento de Félix Hernando a general, una vez que en el Ministerio de Defensa, el de Interior y la Guardia Civil se considera sobradamente acreditados los méritos del coronel, precisaron las fuentes consultadas. Hernando cuenta con numerosas felicitaciones oficiales y condecoraciones, incluida la Cruz al Mérito de la Guardia Civil con distintivo rojo, la Cruz al Mérito policial con distintivo blanco y otras dos al Mérito Militar.
Recientemente fueron ascendidos a tenientes generales cuatro generales de división del Instituto Armado, algunos de ellos, como el jefe directo de Hernando, Atilano Hinojosa, compañeros de promoción del jefe de la UCO. Esto significa que han quedado vacantes cuatro plazas de generales de división, que cuando asciendan dejarán a su vez vacantes otras cuatro de general de brigada, a las que hay que añadir una quinta que ya estaba pendiente de nombramiento.
Según informó en El Mundo Antonio Rubio, Hernando mintió durante su comparecencia en la comisión parlamentaria del 11-M, aunque el juez de la Audiencia Nacional Juan Del Olmo archivó la denuncia.