Expulsado de Francia en varias ocasiones, volvió a España coincidiendo con el fin de la dictadura y fue uno de los fundadores de Herri Batasuna, el brazo político de ETA, en 1978. Durante estos años defendió la "línea dura" de la banda terrorista y en 1987 justificó la muerte de la dirigente etarra "Yoyes" asesinada por la propia banda.
Estuvo imputado por delitos como asociación con malhechores y colaboración con ETA, o fabricación de imanes para fabricar bombas. Por estos hechos, permaneció en prisión en Francia durante tres años, tras los cuales abandonó el país galo en 1991y regresó a España. Fijó su residencia en Bilbao, donde comenzó a ejercer la abogacía.
En marzo de 2001 se sumó a Aralar, escisión surgida dentro del seno de HB e integrada por antiguos cargos del brazo político de ETA. Este partido, que se presentó a las elecciones municipales de 2003, estaba encabezado Patxi Zabaleta e Iñaki Aldekoa, y su única diferencia respecto a Batasuna-ETA era la condena a los atentados terroristas.
En el congreso constituyente del nuevo partido, celebrado el 22 de junio de 2002, Madariaga fue nombrado responsable de la comisión de garantías. Además, fue el candidato de Aralar a Diputado General de Vizcaya en las elecciones locales del 25 de mayo de 2003. Actualmente forma parte del Comité Ejecutivo del partido.
En estos últimos años, ha participado en varios documentales y entrevistado en diversos medios de comunicación como fundador y ex integrante de ETA, hasta su detención en junio.