Éstos son los principales procedimientos que se mantienen abiertos en su Juzgado:
- El chivatazo a ETA
El "chivatazo" con el que se alertó a la banda terrorista sobre una operación policial contra su red de chantaje el 4 de mayo de 2006 es una de las piezas desglosadas de la causa contra el aparato de extorsión de ETA, de la que también forma parte la genérica sobre las cartas que la organización enviaba a los empresarios para reclamarles el "impuesto revolucionario".
- "Bateragune"
Tras procesar recientemente -el pasado 25 de enero- al ex portavoz de Batasuna Arnaldo Otegi, al ex secretario general del LAB Rafael Díez Usabiaga y a otros seis dirigentes proetarras por intentar reconstruir la formación ilegalizada a través del grupo "Bateragune", el juez aún no ha elevado el sumario a la Sala de lo Penal de este tribunal para que dicte la apertura de juicio oral.
- Guantánamo
Dos días después, el magistrado se declaró competente para investigar las supuestas torturas sufridas en el centro de detención norteamericano de Guantánamo (Cuba) por cuatro prisioneros, uno de ellos de nacionalidad española, tras admitir a trámite las querellas de varias asociaciones contra seis responsables jurídicos del centro.
- "Caso Pretoria"
Garzón aún no ha levantado el secreto de sumario de esta causa abierta contra la trama de corrupción liderada por el ex diputado del PSC Luis García que defraudó un total de 44.754.000 euros a los ayuntamientos barceloneses de Santa Coloma, Badalona y Sant Andreu de Llavaneres, y en la que hay una veintena de imputados, entre ellos los ex altos cargos de la Generalidad en la etapa de CiU Macià Alavedra y Lluís Prenafeta.
- Las cuentas secretas de Pinochet
El 30 de noviembre del pasado año, Garzón imputó a Lucía Hiriart, la viuda del dictador chileno Augusto Pinochet -a quien había procesado en 1999-, así como a su abogado y dos ex altos cargos del Banco de Chile por delitos de blanqueo de capitales y alzamiento de bienes.
- Torturas a saharauis
En 2007 se declaró competente para investigar a trece altos cargos marroquíes por delitos de genocidio y torturas en el Sahara en relación con la desaparición de cientos de saharauis, denunciada por varias asociaciones de Derechos Humanos, y un mes y medio más tarde, el 17 de diciembre, admitió a trámite la querella que habían presentado.
- Los fondos de Intervida
Garzón tampoco acabará la instrucción que comenzó ese mismo año sobre el presunto fraude cometido por los fundadores de la Fundación Intervida que supuestamente desviaron 60 millones de euros procedentes del apadrinamiento de niños del Tercer Mundo a la constitución de empresas ajenas a esta actividad benéfica y social.
- El agujero de Forum
Después de una primera parte de la instrucción llevada por su compañero Fernando Grande-Marlaska, Garzón asumió en 2006 la vía penal del proceso sobre el fraude de Fórum Filatélico, en la que se investiga a sus responsables por delitos de estafa, insolvencia punible, delito contra la Hacienda Pública, administración desleal y blanqueo de capitales.