Juan José Güemes ha respaldado en esRadio la gestión de Esperanza Aguirre en la Comunidad de Madrid y ha dicho que lo hace porque "defendiéndola me defendía a mí mismo", ya que como "corresponsable de todas sus decisiones, la apoyo siempre". Además, ha alabado el papel de la presidenta madrileña, que ha "cosechado los mejores resultados en elecciones municipales, autonómicas, generales y europeas".
Sus críticas más duras se han dirigido hacia Manuel Cobo, y sobre todo hacia El País, al que acusa de teledirigir una estrategia contra el Partido Popular. "La semana que Cobo puso un coche-bomba en la puerta de la calle Génova, El País publicaba ese mismo domingo una encuesta sobre el liderazgo en el PP", ha señalado, dejando de manifiesto que la intención del diario de Prisa era "decir: ¿lo ves? ¿lo ves? El PP ha perdido liderazgo y Gallardón es el líder perfecto".
No obstante el consejero de Sanidad ha querido matizar que "no estoy queriendo decir que Manuel dijera eso el lunes, deseando que el domingo el editorialista de El País escribiera lo que escribió", pero ha dejado claro que en su opinión "la estrategia de El País se pone de manifiesto en 5 días".
Según ha dicho en esRadio, la intención del diario era desestabilizar a los populares madrileños y considera que "a El País le hubiera gustado que se formase una gestora en el PP de Madrid, pero funciona extraordinariamente bien, y no aquí no ha ocurrido nada de lo que ha dicho el diario El País, sino que ha habido un señor que se ha dedicado a insultar, y punto", remarcó.
Sobre las dudas de la autoría de la entrevista del vicealcalde , Güemes ha sido prudente y ha dicho que "no sé, el que ha reivindicado la autoría es Manuel Cobo....pero efectivamente parece que hay varias entrevistas dentro de la entrevista, en las que se ha profundizado poco". El consejero madrileño también se ha mostrado interesado en cuál es la relación tan especial que une a Zapatero y Cobo , a tenor de lo que declaró este último en El País : "Yo también tengo curiosidad por saber cuál es la naturaleza del pacto entre ellos", ha dicho Güemes. La actuación de Cobo en el Comité Ejecutivo de los populares, en la que el vicealcalde dijo que "temía por la vida de sus hijos", ha sido calificada por el consejero como "bochornosa intervención" y ha evidenciado que "habría sido distinto si hubiéramos sabido que se se iba a pronunciar en esos términos".