El juez Garzón tomó decisiones a favor del entorno de ETA que coincidían con los ofrecimientos que hizo a ETA su amigo y ex abogado José Manuel Gómez Benítez en nombre del Gobierno durante la negociación con la banda terrorista.
Gómez Benítez negoció con ETA que el PCTV no fuera considerado Batasuna y así poder presentarse a las elecciones. Garzón, finalmente, decidió en un auto que el PCTV y ANV "no están instrumentadas por ETA", dice El Mundo.
Según las actas de la negociación con la banda de diciembre de 2006 en Oslo, a las que ha tenido acceso El Mundo, Gómez Benítez ofreció a los terroristas la impunidad de las estructuras vinculadas a Batasuna encausadas en el sumario contra Jarrai, PCTV-ANV, Ekin y las herriko tabernas. Muchas de estas causas se instruían en el juzgado número 5 de la Audiencia Nacional, del que es titular Baltasar Garzón.
Garzón dicto en aquella época autos en los que desvinculaba las organizaciones de Batasuna y rechazó imputar a Otegi y otros proetarras pese a que anteriormente al llamado proceso de paz había criminalizado a todo el entorno de ETA. Ahora, con la ayuda del fiscal Conde Pumpido, consideraba "una reducción simplista" esta vinculaciones y decía que "no se puede exigir un plus a quienes… pretenden estar presentes en el discursos político de la sociedad".
El comisario de Información Miguel Valverde, remitió un informe a Garzón desvinculando a Aralar, el PCTV y ANV de ETA. Garzón rechazó las peticiones de la asociaciones de víctimas de ilegalizarlas. "No se puede producir una cadena inacabable de suspensiones, ilegalizaciones", dijo el juez en un auto.
En vísperas de las elecciones de 2007, la Guardia Civil realizó otro informe en que dejaba claro que ANV formaba parte de ETA, mientras que la Policía hizo otro en el que constaba que la formación ilegal había suscrito un protocolo de colaboración con ANV. Garzón pidió un informe conjunto.
Finalmente, Garzón decidió no ilegalizar a estas formaciones. El resultado fue que ANV y el PCTV pudieron concurrir a las elecciones municipales de 2007.