La investigación judicial de la trama de Interligare lleva desde el mes de febrero completamente paralizada, debido a que la juez de Aranjuez Cristina García ha tratado de inhibirse del caso argumentando que los hechos habrían sido cometidos en la jurisdicción de Madrid (sede del PP de Génova), por lo que las diligencias deberían instruirse por uno de los juzgados de la plaza de Castilla de la capital.
El Ministerio Fiscal se ha opuesto a la inhibición, y la ha recurrido ante la Audiencia Provincial de Madrid. Según la opinión del fiscal, la juez debería instruir el caso dado que la sede social de Interligare –según el Registro Mercantil- está en Aranjuez, y, según señala El Mundo, hay pocas dudas de que algunos de los posibles fraudes hayan tenido lugar exclusivamente en ese partido judicial. El recurso se resolverá en septiembre, cuando se decidirá si son los juzgados de Plaza de Castilla los encargados de investigar la trama corrupta en Interior en la era Rubalcaba, o es finalmente Cristina García quien lo instruye. Incluso, cabe la posibilidad de que, tal y como sugiere la Policía Judicial en su informe, el caso se desgaje en dos partes: las escuchas irían a Plaza de Castilla, y el caso de corrupción, a Aranjuez.
Pero según Eduardo Inda, uno de los periodistas que ha destapado el escándalo Interligare en el diario de Unidad Editorial, la magistrada tiene más motivos para querer desentenderse del caso. En Es la Mañana... de esRadio, el periodista ha explicado que "la juez está literalmente asustada y ha recibido alguna que otra visita". Explicó que Cristina García es "una juez encargada es muy joven y se asustó "desde el minuto uno".