Hombre gris, sin apenas carisma, el general del Aire José Julio Rodríguez llegó 2008 al máximo cargo al que un militar puede llegar en su carrera profesional: Jefe del Estado Mayor de la Defensa (JEMAD). Fue nombrado para el cargo el 19 de julio de ese año por el entonces presidente del Gobierno, José Luis Rodríguez Zapatero. Sustituía en el cargo al actual secretario de Estado-Director del CNI, el general Félix Sanz Roldán.
Elegido para el cargo por la ministra de Defensa, Carme Chacón, a la que acompañó como máximo responsable de la cúpula militar durante sus tres años de estancia en el Ministerio, tuvo que afrontar dos grandes retos, principalmente, durante su mandato. El primero, fue la guerra de Afganistán. El segundo, el secuestro del pesquero español Alakrana por piratas somalíes en aguas del Océano Índico.
En lo que respecta a Afganistán, gestionó el periodo con más tropas españolas desplegadas en el país asiático, más de 1500 militares. No tuvo reparos en vender la gestión interesada que el Gobierno socialista hizo de esta guerra, es decir, negar de forma tajante que se estuviese en un conflicto bélico e intentar hacer calar en la opinión pública que las tropas españolas estaban en una misión meramente humanitaria.
Aún más polémica fue su gestión de la crisis del Alakrana. El Gobierno español terminó pagando un rescate que algunas fuentes llegaron a cifrar en los 200 millones de euros para su liberación. Todo ello, pese a que se había mandado a la zona un grupo de la Fuerza de Guerra Naval Especial para que asaltase el barco pesquero y liberase a la tripulación de la embarcación que permanecía retenida por los piratas.
Este grupo fue transportado hasta el Índico en un avión C-130 Hércules y lanzado de noche en paracaídas sobre el mar. Las lanchas de los buques de la Armada que vigilaban el Alakrana fueron pescando del mar uno a uno a estos militares de élite. El objetivo, aprovechar la oscuridad para que los piratas no detectasen la llegada de este grupo especializado en asaltos en alta mar.
Finalmente, el Gobierno no dio la autorización para la intervención de asalto y se decidió pagar por la liberación del barco. Quien no actuó así fueron los responsables de la Operación Atalanta (la misión contra la piratería de la UE), que ordenó a otro grupo de la Fuerza de Guerra Naval Especial española asaltar el yate de la ciudadana francesa Evelyn Colombo, que se encontraba también secuestrada.
El resultado fue una exitosa operación militar que concluyó con la liberación de los rehenes y ni una baja en el grupo operativo español. Ese hecho hizo que la proeza de este grupo de élite de la Armada abriera a cuatro columnas al día siguiente la portada del diario Le Monde, el más prestigioso de Francia.
Por último, también habría que destacar que fue bajo el mandato de José Julio Rodríguez al frente de la cúpula militar española cuando se produjo el caso de agresión y acoso sexual a la excomandante Zaida Cantera, que en las próximas elecciones generales irá en los primeros puestos de la lista del PSOE en Madrid.