Gómez Benítez es uno de los representantes más paradigmáticos de la casta judicial vinculada al PSOE. Fue muy conocido por haber sido durante años el abogado del juez Garzón. También fue elegido vocal del CGPJ a propuesta del PSOE y uno de los mediadores nombrados por el Gobierno de Zapatero para negociar con ETA. Su nombre es recurrente en las noticias de lo que se conoce como las cloacas del Estado.
José Manuel Gómez Benítez llegó a presumir, frente a los emisarios de ETA en estas negociaciones, de que el famoso chivatazo del Bar Faisán -la delación que permitió la huida de la red de extorsión de la banda terrorista- había sido una prueba de voluntad del Gobierno de Zapatero para que continuaran las negociaciones con ETA. Así figuraba en las actas que publicó el diario El Mundo en diciembre de 2008.
Según esta información Gómez Benítez aparecía identificado como "número 4" en el acta de una de las reuniones celebradas en 2006 entre los representantes del Gobierno y los terroristas de ETA. En aquellos momentos, Benítez guardaba una muy estrecha relación con Baltasar Garzón. Muy vinculado al PSOE, fue nombrado al poco tiempo vocal del órgano de Gobierno de los jueces.
Más recientemente, Gómez Benítez también saltó a la palestra por provocar la dimisión del presidente del Tribunal Supremo, Carlos Dívar, acusándole públicamente de gastar mucho dinero público en viajes. La Justicia dio carpetazo al asunto, pero Gómez Benítez logró al dimisión del presidente del Supremo.