Nacido en la localidad navarra de Lecumberi en 1965, Juan José Zubieta Zubeldia se incorporó a la organización terrorista ETA a finales de los años ochenta. Su historial criminal está marcado por la matanza en la casa-cuartel de Vic (Barcelona) en 1991, en la que asesinó a nueve personas, cinco de ellas niños, y por la que fue condenado a 1.311 años de cárcel. Ha cumplido poco más de 22 años de cárcel.
En mayo de 1988 se incorporó al grupo Nafarroa de ETA que ya integraban Javier Goldaraz Aldaya, Juan María Lizarralde, Susana Arregui y Germán Rubenach. Junto a ellos, secuestró el 24 de noviembre de 1989 al industrial Adolfo Villoslada, liberado 84 días después previo pago de un rescate de 350 millones de pesetas. Juan José Zubieta Zubeldia había trabajado para la empresa del industrial y facilitó toda la información para llevar a cabo su secuestro.
Su primer atentado mortal tuvo lugar el 16 de octubre de 1988, cuando junto a sus compañeros de grupo etarra colocó una furgoneta-bomba en Pamplona al paso de una tanqueta y un Land Rover ocupados por una docena de agentes de la Guardia Civil, que acababan de concluir su jornada laboral en el servicio de vigilancia del Centro Penitenciario de Pamplona.
Los terroristas activaron con un mando a distancia la carga de la furgoneta, aparcada en doble fila en la calle Larraina, y que tenía en su interior treinta kilos de explosivos y cuarenta de metralla. La explosión alcanzó de lleno a la tanqueta, que fue lanzada contra un árbol situado en uno de los lados de la calzada. El guardia civil Julio Gangoso Otero murió en el acto y los otros siete ocupantes resultaron heridos de gravedad. Los ocupantes del Land Rover salieron ilesos.
Ocho meses después, el 25 de junio de 1990, participó en un atentado contra el sargento de la Guardia Civil José Luis Hervás Mañas en la localidad navarra de Foz de Lumbier. El agente era parte de unas unidades de refuerzo que habían llegado a los parajes turísticos de la localidad para luchar contra los crecientes robos. Al ver un vehículo sospechoso se acercó hacia él para pedir la documentación a sus ocupantes, momento en el que los terroristas de ETA abrieron fuego contra él.
Tras este último asesinato, los miembros del grupo Nafarroa de ETA huyeron a Francia para eludir la persecución de las Fuerzas de Seguridad del Estado. Tras unos meses en la clandestinidad, la dirección de ETA encomendó a Juan José Zubieta Zubeldia que se incorporase al grupo Barcelona, que preparaba una ola de atentados en Cataluña.
El primer y último de esos atentados tuvo lugar el 29 de mayo de 1991, cuando los terroristas que conformaban el grupo etara lanzaron un vehículo Renault R6 cargado con 216 kilos de explosivos (doce bombonas con 18 kilos de amonal cada una) contra la casa-cuartel de Vic (Barcelona). Aprovecharon para ello la pendiente de una de las calles y activaron la carga cuando el coche se encontraba en el patio de las instalaciones del Instituto Armado.
La fuerte explosión tiró abajo prácticamente todas las instalaciones (donde vivían catorce agentes, trece mujeres y veintidós niños) causando la muerte de nueve personas, cinco de ellas menores de edad: dos guardias civiles (Juan Chincoa Alés y Juan Salas Píriz); dos mujeres: Nuria Ribó (mujer de Juan Chincoa) y Maudilia Duque (suegra de Juan Salas); y cinco menores: Francisco Díaz (17); María Pilar Quesada (8); Ana Cristina Porras (10); Rosa María Rosa Muñoz (14), y Vanessa Ruiz Lara (11). Otras 44 personas quedaron heridas de gravedad, algunas con importantes mutilaciones en su cuerpo.
Veinticuatro horas después del atentado, el grupo Barcelona de ETA era desarticulado en una espectacular operación de la Guardia Civil en la pequeña localidad de Lissá de Munt (Barcelona). Juan José Zubieta Zubeldia fue detenido sin oponer resistencia, mientras que algunos de sus compañeros de grupo, como Juan Carlos Monteagudo Povo (jefe del grupo y exdirigente de Terra Lliure) y Juan Félix Erezuma Uriarte, utilizaron sus armas para evitar su detención, falleciendo en el tiroteo con los agentes del Instituto Armado.
Durante el juicio en el que Juan José Zubieta Zubeldia fue condenado a 1.311 años de cárcel por esta masacre, aseguró que los terroristas eran conscientes de que en esta instalación de la Guardia Civil vivían los familiares de los agentes, incluidos niños, pero sentenció que "ése es un hecho que no valoramos porque no es nuestro problema que los guardias civiles utilicen a los niños como escudos humanos".