1993
Acosado por la corrupción, Felipe González recurre a Garzón como número 2 del PSOE por Madrid. Tras ganar las elecciones por última vez, lo nombra delegado del Gobierno para el Plan Contra las Drogas, frustrando su deseo de ser ministro del Interior.
1994
En mayo, tras la dimisión de Antoni Asunción por la fuga de Luis Roldán, González decide que el ministro de Justicia, Juan Alberto Belloch, asuma también la cartera de Interior. Ni siquiera se acuerda de Garzón para ser su número 2, lo que precipita la salida del magistrado de la política.
En noviembre, ya instalado de nuevo en su despacho de la Audiencia Nacional, Garzón reabre el sumario de los GAL, apuntando directamente a la cúpula de Interior de sus antiguos compañeros de filas.
1998
El exministro del Interior José Barrionuevo y el que fuese su número 2, Rafael Vera, ingresar en prisión por el secuestro de Segundo Marey, uno de los crímenes de los GAL. Felipe González y la plana mayor del PSOE les acompañan a la puerta de la cárcel de Guadalajara entre vítores y denuncias de una conspiración en su contra. Garzón se convierte en la gran bestia negra de la izquierda.
2003
Garzón se implica en la campaña del "No a la guerra" contra el Gobierno de Aznar.
2012
El Tribunal Supremo lo inhabilita a once años por prevaricación al haber escuchado ilegalmente las conversaciones de los implicados en el caso Gürtel con sus abogados. El PSOE cierra filas con el ya exmagistrado, que recurre el fallo a Estrasburgo.
2013
Garzón participa activamente en la elaboración de una carta que exdirigentes de IU presentan en la Conferencia Política del PSOE con propuestas muy críticas con el Gobierno de Rajoy.