Tal día como hoy, 28 de noviembre, pero de 2009, Libertad Digital contaba en su portada el enfado del que en ese momento era presidente del Congreso de los Diputados con el titular: "Bono, resentido con la Conferencia Episcopal: "Yo no soy un asesino". El exministro de Defensa manifestó ante los medios de comunicación la "tristeza" que le causó la posición de la Iglesia de negar la comunión a los católicos que dieran su voto al proyecto de ley del aborto a no ser que se confesaran y manifestaran públicamente su arrepentimiento.
José Bono aseguró que no podía "dejar de ver la imagen de Pinochet comulgando y a mí me califican de pecador público". Bono pidió reflexión a los obispos y que no le condenaran por ser socialista. Precisamente, dijo en junio de 2009 que "es compatible ser cristiano y socialista" porque si no "habría que cerrar las iglesias y las agrupaciones del PSOE". Por este motivo un destacado miembro del Partido Socialista de la época, Luis Solana, recomendó a Bono "hacerse masón".
Antes de que se votara la ley, Bono y miembros de "Cristianos Socialistas" se reunieron con cuatro obispos en lo que calificó un encuentro "eclesial, no político" y donde se habló de todo, incluida la polémica norma. Choca que, en todo un ejemplo de incoherencia, dijera que apoyaba a los "Cristianos Socialistas", que se oponen al aborto, y recomendara que "si un diputado está en contra porque su conciencia así se lo ordena, que deje su escaño".
Bono no se arrepintió de votar a favor de la nueva ley aunque sí que reconoció que para él fue "un sacrificio" apoyarla. Admitió meses después de que se aprobara que "voté esta ley por razones distintas a las que las votó un sector de mi partido. Para mí, el aborto ni es un bien ni es un derecho. Es un mal. Y voté la ley porque estoy convencido de que la legislación nueva es más respetuosa con el derecho a la vida que la anterior".
José Bono aseguró que tenía la "conciencia tranquila" porque hizo lo que consideró mejor para reducir el número de abortos. El presidente del Congreso llegó a evocar al Evangelio para justificar su voto diciendo que "hay sectores da la Iglesia católica que exigen al Estado que actúe con mano justiciera, aplicando penas y castigos, mientras se reservan para ellos la mano acogedora del perdón o de la penitencia purificadora. Como político que quiere inspirar su vida en el Evangelio de Jesús, aspiro a que también la nueva ley incluya una dimensión de comprensión y misericordia".
José Bono, que se considera católico practicante, ha criticado abiertamente a la Iglesia y ha usado hasta la guerra de Irak para atacarla. Dijo en junio de 2009 que "los que hoy hablan de la vida en el ámbito del aborto, callaron ante miles de muertes provocadas de modo ilícito". Además, acusó a los obispos de "intentar imponer lo que piensan" y pidió que "no tengan dos varas para medir a unos cuando gobiernan y a otros cuando están en la oposición", en referencia al PP.