L D (Europa Press) Damiano Cunego entró a 28 segundos, Robert Gesink (Rabobank) a 33, y Luis León Sánchez (Caisse d'Epargne) lo hizo a 36 segundos, cediendo de esta manera el 'maillot' amarillo de líder. Mientras, las primeras unidades del pelotón entraron a más de 50 segundos de Contador, en esta tercera etapa de 172,5 kilómetros entre Villatuerta y Arrate (Eibar).
Con su victoria, Contador, ganador de la Vuelta Ciclista al País Vasco en 2008 culminó un ataque que lanzó a sólo cinco kilómetros del final, en la segunda y definitiva subida al Alto de Ixua (1ª categoría), y que nadie pudo responder. Aunque lo intentaron, sin éxito, Cadel Evans, Tony Colom y Samuel Sánchez. Astana fue el que impuso un ritmo endiablado al pelotón durante toda la jornada. Primero para tratar de neutralizar la larga fuga que durante 93 kilómetros protagonizaron Rinaldo Nocentini (AG2R) y Johann Tschoop (Bouygues) después de que no prosperaran cuatro intentos anteriores.
Nocentini y Tschoop formaron parte de una fuga que se formó a la altura del kilómetro 69, tras el paso por el alto de Azazeta, compuesta por cinco corredores más: Iñigo Cuesta (Cervelo), Alexandre Botcharov (Team Katusha), Yukiya Arashiro (Bouygues), Linus Gerdemann (Team Milram) y Javier Megías (Fuji-Servetto). En las rampas de la primera ascensión a Ixua, Cuesta y Mejías fueron neutralizados, y Nocentini y Tschoop coronaron el alto a un minuto del pelotón, del que tiraba Astana provocando que éste circulase en fila de a uno en la bajada En la meta volante de Etxebarria, italiano y suizo ampliaban a un minuto y 27 segundos su ventaja con el grueso de la carrera, pero en el Alto de San Miguel, a 20 kilómetros de meta, tan sólo aventajaban al pelotón en 44 segundos.
Euskaltel Euskadi se unió a Astana para comandar la carrera e intentar neutralizar a los dos escapados, lográndolo en el paso por el túnel de Maltzaga, a 10 kilómetros del final. Ya en las rampas de la segunda y crucial ascensión a Ixua, el Katusha de Toni Colom intentó tomar la manija del pelotón junto a Astana y Euskaltel. Horner, Contador, Colom (Katusha), Cunego, Evans y 'Purito' Rodríguez se situaban en las primera unidades, y Samuel Sánchez, más rezagado, intentaba alcanzarles.
El ataque de Contador cogió por sorpresa al grupo principal, y el de Pinto coronó en solitario el Alto de Ixua, a tres kilómetros para llegar a meta. Evans no pudo seguirle, como tampoco lo pudieron hacer Colom y 'Samu', recuperado tras un momento dubitativo; mientras, Cunego se quedó definitivamente atrás. El ganador de Tour, Giro y Vuelta enfiló los últimos 1.000 metros en solitario, alzándose con el triunfo de etapa y el liderato de la prueba y postulándose para reeditar su triunfo de la pasada edición. Este jueves se disputará la cuarta etapa entre Eibar y la localidad vizcaína de Güeñes, de 161 kilómetros, con la subida al alto de Urkiola, de primera categoría, como principal dificultad.